PDB-9p9c: Active substate 1 of the GluA4 homotetramer.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p9c

タイトル

Active substate 1 of the GluA4 homotetramer.

要素

Isoform 2 of Glutamate receptor 4
Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / AMPAR / Ion Channel / Ligand-gated / Glutamate Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

Presynaptic depolarization and calcium channel opening / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cerebellar mossy fiber / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / regulation of AMPA receptor activity / Trafficking of AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor complex ...Presynaptic depolarization and calcium channel opening / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cerebellar mossy fiber / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / regulation of AMPA receptor activity / Trafficking of AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor complex / channel regulator activity / membrane hyperpolarization / regulation of synapse structure or activity / nervous system process / Synaptic adhesion-like molecules / protein targeting to membrane / voltage-gated calcium channel complex / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Activation of AMPA receptors / neuromuscular junction development / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / transmission of nerve impulse / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / membrane depolarization / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / voltage-gated calcium channel activity / response to fungicide / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate-gated receptor activity / somatodendritic compartment / presynaptic active zone membrane / ionotropic glutamate receptor binding / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to calcium ion / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / dendritic spine / chemical synaptic transmission / postsynaptic density / neuronal cell body / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.01 Å

データ登録者

Hale, W.D. / Huganir, R.L. / Twomey, E.C.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)	K99MH132811	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM154904	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	R37NS036715	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational Plasticity Tunes the GluA4 Channel Gate
著者: Hale, W.D. / Huganir, R.L. / Twomey, E.C.

履歴

登録	2025年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p9c.cif.gz	433.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p9c.ent.gz	335.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/9p9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/9p9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	71406MC 71405C 71407C 71408C 71409C 71410C 9p9bC 9p9dC 9p9eC 9p9fC 9p9gC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (23) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (23)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (2)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of Glutamate receptor 4

B: Isoform 2 of Glutamate receptor 4

C: Isoform 2 of Glutamate receptor 4

D: Isoform 2 of Glutamate receptor 4

H: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

F: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

G: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

E: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

ヘテロ分子

475 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Isoform 2 of Glutamate receptor 4 / GluR-4 / GluR4 / AMPA-selective glutamate receptor 4 / GluR-D / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 4 / GluA4 分子量: 95140.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria4, Glur4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19493
#2: タンパク質	Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-2 subunit / Stargazin / Transmembrane AMPAR regulatory ...Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-2 subunit / Stargazin / Transmembrane AMPAR regulatory protein gamma-2 / TARP gamma-2 分子量: 23066.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cacng2, Stg / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O88602
#3: 化合物	ChemComp-CYZ / CYCLOTHIAZIDE / 3-BICYCLO[2.2.1]HEPT-5-EN-2-YL-6-CHLORO-3,4- DIHYDRO-2H-1,2,4-BENZOTHIADIAZINE-7-SULFONAMIDE 1,1 DIOXIDE 分子量: 389.878 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆ClN₃O₄S₂
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Octameric complex of four GluA4 subunits in complex with four TARP gamma 2 subunits. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2, #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.21.2_5419	モデル精密化
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 4.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21063 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 4.01 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	18524
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.476	25036
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.252	2508
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.161	2800
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	3064

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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