PDB-9p0a: Structure of Natrinema sp. J7-2 Tafi pilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p0a

タイトル

Structure of Natrinema sp. J7-2 Tafi pilus

要素

Pilin

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Extrcellular filament / Bundling pili

機能・相同性

Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Natrinema sp. J7-2 (古細菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å

データ登録者

Sonani, R.R. / Egelman, E.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Natrinema sp. J7-2 Tafi pilus
著者: Sonani, R.R. / Egelman, E.H.

履歴

登録	2025年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9p0a.cif.gz	97.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9p0a.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9p0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9p0a_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p0a_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9p0a_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	9p0a_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/9p0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/9p0a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	71067MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

C: Pilin

D: Pilin

E: Pilin

65.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Pilin 分子量: 21695.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Natrinema sp. J7-2 (古細菌) / 参照: UniProt: I7CYY9
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Tafi pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Natrinema sp. J7-2 (古細菌)
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -80.21 ° / 軸方向距離/サブユニット: 33.36 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 36787 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	4083
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.694	5583
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.885	585
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.047	681
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	756

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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