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万見
- PDB-9oad: C1 reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 Portal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oad
タイトルC1 reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 Portal and Portal Vertex
要素
  • (DNA (31-MER)) x 2
  • Adaptor (P74p90)
  • Major head protein
  • P74-26 Head Decoration Protein
  • Portal Vertex Protein
  • Portal protein
キーワードVIRUS / bacteriophage / thermophilic / Neck / Portal
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phage P23-45 portal protein / Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein / Portal protein / Uncharacterized protein / Major head protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oshimavirus P7426 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Sedivy, E.L. / Agnello, E. / Song, K. / Xu, C. / Kelch, B.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1817338 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2026
タイトル: The structure of a thermostable phage's portal vertex and neck complex illuminates the headful maturation mechanism.
著者: Emma L Sedivy / Emily Agnello / Julia E Hobaugh / Rakeyah Ahsan / Kangkang Song / Chen Xu / Brian A Kelch /
要旨: Viruses assemble from component parts inside their host cells, but the mechanisms coordinating this complex process are not completely understood. In tailed bacteriophages, the genome is packaged ...Viruses assemble from component parts inside their host cells, but the mechanisms coordinating this complex process are not completely understood. In tailed bacteriophages, the genome is packaged into its capsid shell through the portal complex. The portal complex then closes to retain DNA and connects to the tail, which is required for host recognition and infection. The trigger to stop pumping DNA and assemble the mature virus has been a longstanding conundrum in the field. We determined the structure of the portal, the proteins that connect it to the tail, and portal vertex in the hyperthermophilic phage Oshimavirus using cryo-Electron Microscopy (cryo-EM). We find highly intertwined loop structures, like in a wicker basket, potentially stabilizing the portal vertex against high temperatures. Moreover, we observe that the portal protrudes from the capsid in mature virions. We propose that portal is repositioned by packaged DNA, forming a pressure-sensitive switch that terminates genome packaging and triggers tail attachment in headful phages.
履歴
登録2025年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Major head protein
Ab: Major head protein
Ac: Major head protein
Ad: Major head protein
Ae: Major head protein
Af: Major head protein
Ag: Major head protein
Ah: Major head protein
Ai: Major head protein
Aj: Major head protein
Ak: Major head protein
Al: Major head protein
Am: Major head protein
An: Major head protein
Ao: Major head protein
Ap: Major head protein
Aq: Major head protein
Ar: Major head protein
As: Major head protein
At: Major head protein
Ba: P74-26 Head Decoration Protein
Bb: P74-26 Head Decoration Protein
Bc: P74-26 Head Decoration Protein
Bd: P74-26 Head Decoration Protein
Be: P74-26 Head Decoration Protein
Bf: P74-26 Head Decoration Protein
Bg: P74-26 Head Decoration Protein
Bh: P74-26 Head Decoration Protein
Bi: P74-26 Head Decoration Protein
Bj: P74-26 Head Decoration Protein
Bk: P74-26 Head Decoration Protein
Bl: P74-26 Head Decoration Protein
Bm: P74-26 Head Decoration Protein
Bn: P74-26 Head Decoration Protein
Bo: P74-26 Head Decoration Protein
Bp: P74-26 Head Decoration Protein
Bq: P74-26 Head Decoration Protein
Br: P74-26 Head Decoration Protein
Bs: P74-26 Head Decoration Protein
Bt: P74-26 Head Decoration Protein
Ca: Portal Vertex Protein
Cb: Portal Vertex Protein
Cc: Portal Vertex Protein
Cd: Portal Vertex Protein
Ce: Portal Vertex Protein
Da: Portal protein
Db: Portal protein
Dc: Portal protein
Dd: Portal protein
De: Portal protein
Df: Portal protein
Dg: Portal protein
Dh: Portal protein
Di: Portal protein
Dj: Portal protein
Dk: Portal protein
Dl: Portal protein
Ea: Adaptor (P74p90)
Eb: Adaptor (P74p90)
Ec: Adaptor (P74p90)
Ed: Adaptor (P74p90)
Ee: Adaptor (P74p90)
Ef: Adaptor (P74p90)
Eg: Adaptor (P74p90)
Eh: Adaptor (P74p90)
Ei: Adaptor (P74p90)
Ej: Adaptor (P74p90)
Ek: Adaptor (P74p90)
El: Adaptor (P74p90)
Ja: DNA (31-MER)
Jb: DNA (31-MER)
Jc: DNA (31-MER)
Jd: DNA (31-MER)
Je: DNA (31-MER)
Jf: DNA (31-MER)
Jg: DNA (31-MER)
Jh: DNA (31-MER)
Ji: DNA (31-MER)
Jj: DNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,170,00579
ポリマ－2,170,00579
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 69分子 AaAbAcAdAeAfAgAhAiAjAkAlAmAnAoApAqArAsAtBaBbBcBdBeBfBgBhBiBj...

#1: タンパク質
Major head protein


分子量: 46680.754 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス) / 参照: UniProt: A7XXR6
#2: タンパク質
P74-26 Head Decoration Protein


分子量: 16376.630 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス) / 参照: UniProt: A7XXR5
#3: タンパク質
Portal Vertex Protein


分子量: 8431.445 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス) / 参照: UniProt: A7XXK1
#4: タンパク質
Portal protein


分子量: 49731.172 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス) / 参照: UniProt: A7XXR3
#5: タンパク質
Adaptor (P74p90)


分子量: 14556.551 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス) / 参照: UniProt: A7XXR8

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DNA鎖 , 2種, 10分子 JaJcJeJgJiJbJdJfJhJj

#6: DNA鎖
DNA (31-MER)


分子量: 9385.020 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス)
#7: DNA鎖
DNA (31-MER)


分子量: 9664.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Oshimavirus P7426VIRUSVirions were purified from infected Thermus thermophilus using cesium chloride and sucrose gradient ultracentrifugation.all0NATURAL
2NeckCOMPLEX#1-#21NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Oshimavirus P7426 (ウイルス)466052
32Oshimavirus P7426 (ウイルス)466052
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11NONOSPECIESVIRION
22
天然宿主
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
11Thermus thermophilus HB8300852HB8
22Thermus thermophilus HB8300852
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Virions were purified from infected Thermus thermophilus using cesium chloride gradient ultracentrifugation.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 49.0571 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16184

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_5430 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39382 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: FSC was calculated using the provided mask, which excludes solvent
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: Initial model was created by ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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