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万見
- PDB-9ny0: Cryo-EM of Class-4 of YM1P nanotube -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ny0
タイトルCryo-EM of Class-4 of YM1P nanotube
要素YM1P
キーワードPROTEIN FIBRIL / D-peptide / peptide-fiber / helical
機能・相同性polypeptide(D)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yi, M. / Zia, A. / Egelman, E.H. / Xu, B. / Wang, F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138756 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA142746 米国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2026
タイトル: Cryo-Structural Insights into Enzymatic Peptide Self-Assembly Driving Extrinsic Lytic Cell Death.
著者: Meihui Yi / Jiaqi Guo / Ayisha Zia / Wangbiao Guo / Shoichi Tachiyama / Gabriel Ashton-Rickardt / Weiyi Tan / Yuchen Qiao / Yinan Gong / Edward H Egelman / Jun Liu / Fengbin Wang / Bing Xu /
要旨: Programmed lytic cell death, including pyroptosis and necroptosis, involves intracellular enzymes that form membrane-rupturing pores. Tumor-associated ectoenzymes such as alkaline phosphatase (ALP), ...Programmed lytic cell death, including pyroptosis and necroptosis, involves intracellular enzymes that form membrane-rupturing pores. Tumor-associated ectoenzymes such as alkaline phosphatase (ALP), however, offer the potential to initiate lytic death extrinsically. Here, we design a phospho-biphenyl-capped peptide precursor that is selectively dephosphorylated by ALP on cancer cell surfaces, triggering enzyme-instructed peptide self-assembly (EISA) into in situ peptide filaments. These supramolecular filaments physically breach the plasma membrane, overwhelm ESCRT-dependent membrane repair, and induce catastrophic calcium influx, cytoskeletal collapse, and organelle dysfunction. While cryo-EM uncovers 2.5-2.9 Å resolution details of ordered dimeric packing that underlies their mechanical rigidity and membrane-rupturing capability, cryo-electron tomography (cryo-ET) reveals the filament penetration of the plasma membrane in live cells. By reprogramming ALP from an immune checkpoint ectoenzyme into a pro-death catalyst, this work establishes a molecular mechanism linking enzymatic catalysis to supramolecular order and membrane failure. More broadly, it outlines a supramolecular chemical-biology framework in which enzyme-triggered assemblies function as programmable executors of cell death.
履歴
登録2025年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YM1P
B: YM1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4912
ポリマ－1,4912
非ポリマー00
水00
1
A: YM1P
B: YM1P
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,485120
ポリマ－89,485120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation59
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 60 / Rise per n subunits: 0.329 Å / Rotation per n subunits: 24.095 °)

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要素

#1: Polypeptide(D) YM1P


分子量: 745.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: YM1P / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 5.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 24.095 ° / 軸方向距離/サブユニット: 0.329 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 472586 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.031110
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d3.144146
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d41.21224
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1166
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00916

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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