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万見
- PDB-9num: SsoPfMCM:DNA class 3 from merged particles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9num
タイトルSsoPfMCM:DNA class 3 from merged particles
要素
  • DNA (60-MER)
  • Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase
キーワードREPLICATION / HYDROLASE/DNA / DNA replication / helicase / MCM / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex / DNA 3'-5' helicase / DNA helicase activity / single-stranded DNA binding / DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / : / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain ...MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / : / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family C-terminal AAA(+) ATPase domain (MCM-CTD) profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Minichromosome maintenance protein MCM
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Enemark, E.J. / Rasouli, S. / Myasnikov, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136313 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20 GM152281 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20 GM103429 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SsoPfMCM:DNA class 3 from merged particles
著者: Enemark, E.J. / Rasouli, S. / Myasnikov, A.
履歴
登録2025年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase
B: Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase
C: Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase
D: Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase
E: Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase
F: Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase
G: Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase
X: DNA (60-MER)
Y: DNA (60-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)526,90830
ポリマ－523,2909
非ポリマー3,61821
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 9分子 ABCDEFGXY

#1: タンパク質
Minichromosome maintenance protein MCM,Minichromosome maintenance protein MCM,DNA helicase


分子量: 69472.336 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌), (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: MCM, SSO0774, PFDSM3638_02400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UXG1, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (60-MER)


分子量: 18491.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 49分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of MCM hexamer with DNA and Mg/ATP-gammaS / タイプ: COMPLEX
詳細: MCM is a Chimeric fusion of Saccharolobus solfataricus MCM N-terminal domain with Pyrococcus furious MCM ATPase domain
Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 77 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53747 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 4R7Y

4r7y


Accession code: 4R7Y / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 219.32 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00335235
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.561147870
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04345514
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00325939
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.98055316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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