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万見
- PDB-9nry: Venezuelan Equine Encephalitis Virus in complex with the single d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nry
タイトルVenezuelan Equine Encephalitis Virus in complex with the single domain antibody V2C3
要素
  • E1 envelope glycoprotein
  • E2 envelope glycoprotein
  • single domain antibody (nanobody) V2C3
キーワードViral protein/Immune System / Venezuelan Equine Encephalitis virus / Virus-Like Particle / VIRUS LIKE PARTICLE / single domain antibody / nanobody / Viral protein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
データ登録者Pletnev, S. / Kwong, P.D. / Zhou, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Demonstration of in vivo efficacy, epitope identification, and breadth of two anti-alphavirus bispecific single domain antibodies
著者: Gardner, C.L. / Pletnev, S. / Liu, J.L. / Anderson, G.P. / Shriver-Lake, L.C. / Bylund, T. / Green, C. / Stephens, T. / Sutton, M. / Tsybovsky, Y. / Roederer, M. / Kwong, P.D. / Zhou, T. / ...著者: Gardner, C.L. / Pletnev, S. / Liu, J.L. / Anderson, G.P. / Shriver-Lake, L.C. / Bylund, T. / Green, C. / Stephens, T. / Sutton, M. / Tsybovsky, Y. / Roederer, M. / Kwong, P.D. / Zhou, T. / Goldman, E.R. / Burke, C.W.
履歴
登録2025年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: E1 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
J: E2 envelope glycoprotein
N: E2 envelope glycoprotein
O: E1 envelope glycoprotein
Q: E2 envelope glycoprotein
X: single domain antibody (nanobody) V2C3
Y: single domain antibody (nanobody) V2C3
Z: single domain antibody (nanobody) V2C3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,8989
ポリマ－321,8989
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 E1 envelope glycoprotein / Togavirin


分子量: 47952.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4MX98
#2: タンパク質 E2 envelope glycoprotein / Togavirin


分子量: 47113.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4MX98
#3: 抗体 single domain antibody (nanobody) V2C3


分子量: 12233.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Venezuelan equine encephalitis virus in complex with single domain antibody V2C3
タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11611

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.4.3CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9PHENIXdev-5245モデル精密化
10cryoSPARC4.4.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.4.3最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.3分類
13cryoSPARC4.4.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 31101
3次元再構成解像度: 6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 726375 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00420208
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69427495
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.7242763
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0483008
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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