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万見
- PDB-9nr4: CCT G beta 5 G257E complex state 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nr4
タイトルCCT G beta 5 G257E complex state 3
要素
  • (T-complex protein 1 subunit ...) x 8
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
キーワードCHAPERONE / CCT / TRiC / protein folding / G beta 5
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activator complex / dark adaptation / light adaption / G-protein gamma-subunit binding / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / scaRNA localization to Cajal body / cell tip / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body ...GTPase activator complex / dark adaptation / light adaption / G-protein gamma-subunit binding / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / scaRNA localization to Cajal body / cell tip / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / chaperonin-containing T-complex / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / tubulin complex assembly / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Folding of actin by CCT/TriC / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / RHOBTB1 GTPase cycle / WD40-repeat domain binding / pericentriolar material / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / parallel fiber to Purkinje cell synapse / sperm head-tail coupling apparatus / chaperone-mediated protein complex assembly / RHOBTB2 GTPase cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / beta-tubulin binding / heterochromatin / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / protein folding chaperone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / acrosomal vesicle / GTPase activator activity / mRNA 3'-UTR binding / ATP-dependent protein folding chaperone / mRNA 5'-UTR binding / response to virus / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / azurophil granule lumen / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Glucagon-type ligand receptors / melanosome / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / unfolded protein binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / protein-folding chaperone binding / protein folding / cell body / presynaptic membrane / Ca2+ pathway / sperm midpiece / secretory granule lumen / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / ficolin-1-rich granule lumen / cytoskeleton / microtubule / postsynaptic membrane / Extra-nuclear estrogen signaling / protein stabilization / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / Neutrophil degranulation / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / dendrite / Golgi apparatus / signal transduction / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. ...T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit theta / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mack, D.C. / Shen, P.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM133772 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01 EY012287 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY036925 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Disease-causing mutations in the G protein beta 5 beta-propeller disrupt its Chaperonin-mediated Folding Trajectory
著者: Sass, M. / Mack, D.C. / Shen, P.S. / Willardson, B.M.
履歴
登録2025年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-complex protein 1 subunit alpha
B: T-complex protein 1 subunit beta
D: T-complex protein 1 subunit delta
E: T-complex protein 1 subunit epsilon
G: T-complex protein 1 subunit gamma
H: T-complex protein 1 subunit eta
Q: T-complex protein 1 subunit theta
Z: T-complex protein 1 subunit zeta
a: T-complex protein 1 subunit alpha
b: T-complex protein 1 subunit beta
d: T-complex protein 1 subunit delta
e: T-complex protein 1 subunit epsilon
g: T-complex protein 1 subunit gamma
h: T-complex protein 1 subunit eta
q: T-complex protein 1 subunit theta
z: T-complex protein 1 subunit zeta
N: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,004,14865
ポリマ－995,58117
非ポリマー8,56848
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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T-complex protein 1 subunit ... , 8種, 16分子 AaBbDdEeGgHhQqZz

#1: タンパク質 T-complex protein 1 subunit alpha / TCP-1-alpha / CCT-alpha


分子量: 60418.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: KIDNEY / 参照: UniProt: P17987
#2: タンパク質 T-complex protein 1 subunit beta / TCP-1-beta / CCT-beta


分子量: 57567.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: KIDNEY / 参照: UniProt: P78371
#3: タンパク質 T-complex protein 1 subunit delta / TCP-1-delta / CCT-delta / Stimulator of TAR RNA-binding


分子量: 57996.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: KIDNEY / 参照: UniProt: P50991
#4: タンパク質 T-complex protein 1 subunit epsilon / TCP-1-epsilon / CCT-epsilon


分子量: 59749.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: KIDNEY / 参照: UniProt: P48643
#5: タンパク質 T-complex protein 1 subunit gamma / TCP-1-gamma / CCT-gamma / hTRiC5


分子量: 60613.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: KIDNEY / 参照: UniProt: P49368
#6: タンパク質 T-complex protein 1 subunit eta / TCP-1-eta / CCT-eta / HIV-1 Nef-interacting protein


分子量: 59443.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: KIDNEY / 参照: UniProt: Q99832
#7: タンパク質 T-complex protein 1 subunit theta / TCP-1-theta / CCT-theta / Chaperonin containing T-complex polypeptide 1 subunit 8 / Renal carcinoma ...TCP-1-theta / CCT-theta / Chaperonin containing T-complex polypeptide 1 subunit 8 / Renal carcinoma antigen NY-REN-15


分子量: 59691.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: KIDNEY / 参照: UniProt: P50990
#8: タンパク質 T-complex protein 1 subunit zeta / TCP-1-zeta / Acute morphine dependence-related protein 2 / CCT-zeta-1 / HTR3 / Tcp20


分子量: 58106.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: KIDNEY / 参照: UniProt: P40227

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タンパク質 , 1種, 1分子 N

#9: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / Gbeta5 / Transducin beta chain 5


分子量: 48407.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: KIDNEY / 細胞株: HEK293T / 遺伝子: GNB5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14775

-
非ポリマー , 4種, 67分子

#10: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 化合物
ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE


分子量: 83.977 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CCT G beta 5 G257E complex state 3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83414 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00466169
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59489355
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.869197
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04110663
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00311399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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