PDB-9nqd: Structural Basis of Pseudomonas FapC Biofilm-Forming Functional A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nqd

タイトル

Structural Basis of Pseudomonas FapC Biofilm-Forming Functional Amyloid Formation

要素

Functional amyloid subunit FapC

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / FapC Functional Amyloid Pseudomonas C / AMYLOID / FIBRIL / BIOFILM / FUNCTIONAL AMYLOID

機能・相同性

pilus / cell adhesion / extracellular region / Functional amyloid subunit FapC

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Hansen, K.H. / Golcuk, M. / Byeon, C.B. / Plechinger, E.B. / Conway, J.F. / Andreasen, M. / Gur, M. / Akbey, U.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis of Pseudomonas FapC Biofilm-Forming Functional Amyloid Formation
著者: Hansen, K.H. / Golcuk, M. / Byeon, C.B. / Plechinger, E.B. / Conway, J.F. / Andreasen, M. / Gur, M. / Akbey, U.

履歴

登録	2025年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月25日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月25日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月25日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月25日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月25日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月25日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月25日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月25日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nqd.cif.gz	687.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nqd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/9nqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/9nqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49649MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

3: Functional amyloid subunit FapC

4: Functional amyloid subunit FapC

5: Functional amyloid subunit FapC

6: Functional amyloid subunit FapC

7: Functional amyloid subunit FapC

8: Functional amyloid subunit FapC

9: Functional amyloid subunit FapC

0: Functional amyloid subunit FapC

AA: Functional amyloid subunit FapC

AB: Functional amyloid subunit FapC

AC: Functional amyloid subunit FapC

AD: Functional amyloid subunit FapC

271 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Functional amyloid subunit FapC / Amyloid-like fimbrin subunit FapC / ALF subunit FapC / Fibril amyloid subunit FapC 分子量: 22574.234 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FapC 25-250, without signal peptide (1-24). / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: UK4 / 遺伝子: fapC, HZ99_04090, PSUK4_00030 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DXF5
Has protein modification	N

#1: タンパク質

Functional amyloid subunit FapC / Amyloid-like fimbrin subunit FapC / ALF subunit FapC / Fibril amyloid subunit FapC

分子量: 22574.234 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FapC 25-250, without signal peptide (1-24). / 由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: UK4 / 遺伝子: fapC, HZ99_04090, PSUK4_00030 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DXF5

Has protein modification

N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: FapC / タイプ: COMPLEX 詳細: FapC. Residue between 25-250, without signal peptide. Additional methionine on the N-terminus and a histidine purification tag of LEHHHHHH at the C-terminus. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 23.755 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: UK4
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: 0.2 mili Bar / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 91 K / 最低温度: 87 K
撮影	平均露光時間: 4.8 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8870
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン	サンプリングサイズ: 15 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	cryoSPARC	4.5	粒子像選択
2	EPU	3.2	画像取得	TFS
4	cryoSPARC	4.5	CTF補正
7	UCSF ChimeraX	1.8	モデルフィッティング
9	UCSF ChimeraX	1.8	初期オイラー角割当
10	UCSF ChimeraX	1.8	最終オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.5	分類
12	cryoSPARC	4.5	３次元再構成
13	UCSF ChimeraX	1.8	モデル精密化
14	PHENIX	1.2	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -2.266 ° / 軸方向距離/サブユニット: 14.562 Å / らせん対称軸の対称性: C1

粒子像の選択

選択した粒子像数: 762000

3次元再構成

解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71848 / 詳細: Determined by CryoSPARC 4.5. / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

B value: 15.3 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

Accession code: C4IN70 / Chain residue range: 25-250 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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