[日本語] English
万見
- PDB-9n8a: In situ structure of the sheathed FlaD flagellar filament in Vibr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n8a
タイトルIn situ structure of the sheathed FlaD flagellar filament in Vibrio cholerae
要素Flagellin D
キーワードMOTOR PROTEIN / In situ cryo-EM / sheathed flagellar filament / FlaD Vibrio cholerae.
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Wangbiao, G. / Jun, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI087946 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI132818 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structures of the sheathed flagellum reveal mechanisms of assembly and rotation in Vibrio cholerae.
著者: Wangbiao Guo / Sarah Zhang / Jin Hwan Park / Venus Stanton / Merrill Asp / Helen Herrera / Jung-Shen Benny Tai / Jian Yue / Jiaqi Wang / Jiaqi Guo / Rajeev Kumar / Jack M Botting / Shenping ...著者: Wangbiao Guo / Sarah Zhang / Jin Hwan Park / Venus Stanton / Merrill Asp / Helen Herrera / Jung-Shen Benny Tai / Jian Yue / Jiaqi Wang / Jiaqi Guo / Rajeev Kumar / Jack M Botting / Shenping Wu / Jing Yan / Karl E Klose / Fitnat H Yildiz / Jun Liu /
要旨: Motility promotes the complex life cycle and infectious capabilities of Vibrio cholerae and is driven by rotation of a single polar flagellum. The flagellar filament comprises four flagellin proteins ...Motility promotes the complex life cycle and infectious capabilities of Vibrio cholerae and is driven by rotation of a single polar flagellum. The flagellar filament comprises four flagellin proteins (FlaA-D) and is covered by a membranous sheath continuous with the outer membrane. Here we combine in situ cryo-electron microscopy single-particle analysis, fluorescence microscopy and molecular genetics to determine 2.92-3.43 Å structures of the sheathed flagellar filament from intact bacteria. Our data reveal the spatial arrangement of FlaA-D, showing that FlaA localizes at the cell pole and functions as a template for filament assembly involving multiple flagellins. Unlike unsheathed flagellar filaments, the sheathed filament from V. cholerae possesses a highly conserved core but a smooth, hydrophilic surface adjacent to the membranous sheath. A tiny conformational change at the single flagellin level results in a supercoiled filament and curved membranous sheath, supporting a model wherein the filament rotates separately from the sheath, enabling the distinct motility of V. cholerae.
履歴
登録2025年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年12月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: Flagellin D
B1: Flagellin D
C1: Flagellin D
D1: Flagellin D
E1: Flagellin D
F1: Flagellin D
G1: Flagellin D
H1: Flagellin D
I1: Flagellin D
J1: Flagellin D
K1: Flagellin D
L1: Flagellin D
M1: Flagellin D
N1: Flagellin D
O1: Flagellin D
P1: Flagellin D
Q1: Flagellin D
R1: Flagellin D
S1: Flagellin D
T1: Flagellin D
U1: Flagellin D
V1: Flagellin D
W1: Flagellin D
X1: Flagellin D
Y1: Flagellin D
Z1: Flagellin D
a1: Flagellin D
A2: Flagellin D
B2: Flagellin D
C2: Flagellin D
A3: Flagellin D
B3: Flagellin D
C3: Flagellin D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,318,02033
ポリマ－1,318,02033
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 ...
Flagellin D


分子量: 39940.008 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
遺伝子: flaD, VC_2143
発現宿主: Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
参照: UniProt: P0C6C6
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Vibrio cholerae / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2331318 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 86.14 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003192499
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3889124905
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.034414784
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002216830
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.975313057

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る