PDB-9n71: Tail tube structure of Acinetobacter baumannii phage Mystique

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9n71

タイトル

Tail tube structure of Acinetobacter baumannii phage Mystique

要素

Tail tube

キーワード

VIRAL PROTEIN / Tail tube / tail / helical / tail tube protein / phage / bacteriophage

生物種

Acinetobacter phage Mystique (ファージ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Kopylov, M. / Bobe, D. / Alseth, O.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Tail tube structure of Acinetobacter baumannii phage Mystique
著者: Alseth, O.E. / Roush, C. / Irby, I. / Kopylov, M. / Bobe, D. / Nguyen, K. / Xu, H. / Bryksin, A. / Rather, N.P.

履歴

登録	2025年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9n71.cif.gz	285.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9n71.ent.gz	236.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9n71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9n71_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9n71_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9n71_validation.xml.gz	57.6 KB	表示
CIF形式データ	9n71_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/9n71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/9n71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49081MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Tail tube

A: Tail tube

C: Tail tube

D: Tail tube

E: Tail tube

F: Tail tube

168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Tail tube 分子量: 27983.414 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Acinetobacter phage Mystique (ファージ)
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Mystique / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Acinetobacter phage Mystique (ファージ)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主	生物種: Acinetobacter baumannii / 株: AB5075
ウイルス殻	三角数 (T数): 9
緩衝液	pH: 7.6
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア	名称: Leginon / カテゴリ: 画像取得
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 191000 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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