PDB-9n5x: The capsid structure of AAVpo.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9n5x

タイトル

The capsid structure of AAVpo.1

要素

VP3

キーワード

VIRUS / AAVpo.1 / porcine adeno-associated virus / gene therapy / vector / cryo-EM

機能・相同性

Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP3

機能・相同性情報

生物種

Adeno-associated virus - Po1 (アデノ随伴ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Nelson, A. / Mietzsch, M. / McKenna, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into porcine adeno-associated viruses
著者: Nelson, A. / Mietzsch, M. / Eby, J. / Chipman, P. / McKenna, R.

履歴

登録	2025年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9n5x.cif.gz	5.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9n5x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9n5x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9n5x_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9n5x_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9n5x_validation.xml.gz	598.5 KB	表示
CIF形式データ	9n5x_validation.cif.gz	1021.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/9n5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/9n5x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49042MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (4) #2 - 2000年2月バクテリオファージφX174 (Bacteriophage phiX174) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VP3

B: VP3

C: VP3

D: VP3

E: VP3

F: VP3

G: VP3

H: VP3

I: VP3

J: VP3

K: VP3

L: VP3

M: VP3

N: VP3

O: VP3

P: VP3

Q: VP3

R: VP3

S: VP3

T: VP3

U: VP3

V: VP3

W: VP3

X: VP3

Y: VP3

Z: VP3

a: VP3

b: VP3

c: VP3

d: VP3

e: VP3

f: VP3

g: VP3

h: VP3

i: VP3

j: VP3

k: VP3

l: VP3

m: VP3

n: VP3

o: VP3

p: VP3

q: VP3

r: VP3

s: VP3

t: VP3

u: VP3

v: VP3

w: VP3

x: VP3

y: VP3

z: VP3

1: VP3

2: VP3

3: VP3

4: VP3

5: VP3

6: VP3

7: VP3

8: VP3

3.61 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... VP3 分子量: 60185.117 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Adeno-associated virus - Po1 (アデノ随伴ウイルス) 株: AAVpo.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0LA99
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Adeno-associated virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) 株: AAVpo.1
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 1.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 512823 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.01	257640
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.91	352140
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	8.303	203640
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.066	36540
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	46800

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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