PDB-9n5m: The Turkey Parvovirus Capsid structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9n5m

タイトル

The Turkey Parvovirus Capsid structure

要素

VP2

キーワード

VIRUS / Capsid / Aveparvovirus / Turkey Parvovirus / cryo-EM / TuPV

機能・相同性

Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP2

機能・相同性情報

生物種

Turkey parvovirus 260 (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Hsi, J. / Mietzsch, M. / McKenna, R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Birds of a Feather Flock Together: Structural Characterization of Red-Crowned Crane and Turkey Aveparvoviruses
著者: Hsi, J. / Mietzsch, M. / Patney, M. / Chen, S. / Sawh-Gopal, A. / Chipman, P. / McKenna, R.

履歴

登録	2025年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月2日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月2日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月2日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月2日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月2日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9n5m.cif.gz	5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9n5m.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9n5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9n5m_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9n5m_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9n5m_validation.xml.gz	781.4 KB	表示
CIF形式データ	9n5m_validation.cif.gz	1.2 MB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/9n5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/9n5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48927MC 48926C 9n5lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (4) #2 - 2000年2月バクテリオファージφX174 (Bacteriophage phiX174) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VP2

B: VP2

C: VP2

D: VP2

E: VP2

F: VP2

G: VP2

H: VP2

I: VP2

J: VP2

K: VP2

L: VP2

M: VP2

N: VP2

O: VP2

P: VP2

Q: VP2

R: VP2

S: VP2

T: VP2

U: VP2

V: VP2

W: VP2

X: VP2

Y: VP2

Z: VP2

a: VP2

b: VP2

c: VP2

d: VP2

e: VP2

f: VP2

g: VP2

h: VP2

i: VP2

j: VP2

k: VP2

l: VP2

m: VP2

n: VP2

o: VP2

p: VP2

q: VP2

r: VP2

s: VP2

t: VP2

u: VP2

v: VP2

w: VP2

x: VP2

y: VP2

z: VP2

1: VP2

2: VP2

3: VP2

4: VP2

5: VP2

6: VP2

7: VP2

8: VP2

ヘテロ分子

3.63 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... VP2 分子量: 60426.852 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Turkey parvovirus 260 (ウイルス) / 遺伝子: VP2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: D3X6X8
#2: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Turkey parvovirus 260 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Turkey parvovirus 260 (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf9
ウイルスについての詳細	中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1990 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 950 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35131 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.011	251160
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.858	343020
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	10.186	200280
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.057	35700
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	45000

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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