PDB-9mr5: Cryo-EM structure of human OATP1C1 F240A mutant in complex with e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mr5

タイトル

Cryo-EM structure of human OATP1C1 F240A mutant in complex with estrone 3-glucuronide

要素

Solute carrier organic anion transporter family member 1C1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / SLC transporter / E1G

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of thyroid hormone generation / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / transport across blood-brain barrier ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å

データ登録者

Ge, Y. / Yadav, G.P. / Jiang, J. / Huang, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into brain thyroid hormone transport via MCT8 and OATP1C1
著者: Ge, Y. / Dou, T. / Nguyen, T.U. / Yadav, G.P. / Wensel, T.G. / Jiang, J. / Huang, P.

履歴

登録	2025年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mr5.cif.gz	147.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mr5.ent.gz	89.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mr5_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mr5_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9mr5_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	9mr5_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/9mr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/9mr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48553MC 47274C 47293C 47294C 9dwyC 9dxoC 9dxpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (3) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (3)
#46 - 2003年10月
トリプシン (Trypsin)
類似性 (3)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (3)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (3)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Solute carrier organic anion transporter family member 1C1

ヘテロ分子

82.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Solute carrier organic anion transporter family member 1C1 / Organic anion transporter 1C1 / OATP1C1 / Organic anion transporter F / OATP-F / Organic anion ...Organic anion transporter 1C1 / OATP1C1 / Organic anion transporter F / OATP-F / Organic anion transporter polypeptide-related protein 5 / OAT-RP-5 / OATP-RP5 / Organic anion-transporting polypeptide 14 / OATP-14 / Solute carrier family 21 member 14 / Thyroxine transporter 分子量: 82463.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLCO1C1, OATP14, OATP1C1, OATPF, SLC21A14 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYB5
#2: 化合物	ChemComp-E3G / ESTRONE BETA-D-GLUCURONIDE / エストロングルクロニド分子量: 446.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: human OATP1C1 F240A mutant in complex with estrone 3-glucuronide タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 50.83 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52355 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.61 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0031	4333
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.6436	5879
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0414	677
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0056	718
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.1307	609

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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