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- PDB-9mpz: Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing mono... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mpz
タイトルComplex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
要素
  • (Capsid protein ...) x 4
  • PAS12 Fv Heavy chain
  • PAS12 Fv Light chain
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / Foot-and-mouth disease virus Asia1 / Sus scrofa / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Wu, S. / Lei, D.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32373028 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32072873 中国
Other government2021YFD1800304
Other governmentlzujbky-2021-ct05
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: Porcine B cell receptor repertoire uncovers balanced recognition of antigenic structures on serotype Asia1 foot-and-mouth disease virus.
著者: Shulun Huang / Shanquan Wu / Fengjuan Li / Pinghua Li / Pu Sun / Yimei Cao / Huifang Bao / Kaiheng Dong / Jiaxin Yang / Hehe Zhang / Qiongqiong Zhao / Ying Sun / Dong Li / Xingwen Bai / ...著者: Shulun Huang / Shanquan Wu / Fengjuan Li / Pinghua Li / Pu Sun / Yimei Cao / Huifang Bao / Kaiheng Dong / Jiaxin Yang / Hehe Zhang / Qiongqiong Zhao / Ying Sun / Dong Li / Xingwen Bai / Yuanfang Fu / Hong Yuan / Xueqing Ma / Zhixun Zhao / Jing Zhang / Jian Wang / Zaixin Liu / Yong Peng / Kun Li / Jinlian Hua / Zengjun Lu / Dongsheng Lei / Qiang Zhang /
要旨: Of the seven serotypes of foot-and-mouth disease virus (FMDV) strains circulating globally, serotype Asia1 has been effectively eradicated in China through systematic vaccination in livestock. The ...Of the seven serotypes of foot-and-mouth disease virus (FMDV) strains circulating globally, serotype Asia1 has been effectively eradicated in China through systematic vaccination in livestock. The structural characteristics of serotype Asia1 may enhance its immunogenicity compared to other serotypes. Herein, we present a preliminary exploration of Asia1-binding B-cell receptor repertoire, containing 3571 clones, and identified 17 porcine-derived neutralizing monoclonal antibodies (pnAbs) from the top 33 high-frequency clonotypes. The majority of pnAbs (14/17) recognized the epitopes on VP2, with a common determinant at residue 72 (D) on the B-C loop; two pnAbs (2/17) recognized a novel epitope spanning VP2 and VP3; and the remaining one (1/17) bound to the C-terminus of VP1. Furthermore, the antigenic structures on VP2 and spanning VP2 and VP3 were respectively elucidated by determining the cryo-EM structures of FMDV serotype Asia1 in complexes with two pnAbs, PAS5 and PAS12. The light chain of PAS5, forming the majority of contact sites with the viral particle, focuses on the βB, B-C loop, βC and H-I loop of VP2, with key determinants at residues 68, 72 and 77 around the three-fold axis, corresponding to antigenic site 2. The contact sites of both VH and VL of PAS12 uncover a novel antigenic structure comprising the B-C, and H-I loops on VP2, and the B-B knob and βB on VP3, with key determinants at residue 73 on VP2 and 59 on VP3. Subsequently, site-directed competitive ELISA analysis of sera from primary and booster vaccinated pigs revealed a balanced antibody response profile, suggesting a potentially even immunodominance among antigenic site 2, VP1 G-H loop, and the novel antigenic structure spanning VP2 and VP3 on FMDV serotype Asia1. Compared to the focused immunodominance observed in other serotypes, this balanced antigenic recognition across VP1, VP2, and VP3 of FMDV serotype Asia1 reflects a diversified antibody response that may contribute to effective neutralization and protection.
履歴
登録2025年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
H: PAS12 Fv Heavy chain
L: PAS12 Fv Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3376
ポリマ－107,3376
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
H: PAS12 Fv Heavy chain
L: PAS12 Fv Light chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,440,211360
ポリマ－6,440,211360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
H: PAS12 Fv Heavy chain
L: PAS12 Fv Light chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 537 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)536,68430
ポリマ－536,68430
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
H: PAS12 Fv Heavy chain
L: PAS12 Fv Light chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 644 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)644,02136
ポリマ－644,02136
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

-
Capsid protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 23471.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: A2I7M2
#2: タンパク質 Capsid protein VP2 / P1B / Virion protein 2


分子量: 24471.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: A2I7M2
#3: タンパク質 Capsid protein VP3 / P1C / Virion protein 3


分子量: 23845.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: A2I7M2
#4: タンパク質 Capsid protein VP4 / P1A / Virion protein 4


分子量: 8789.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: A2I7M2

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#5: 抗体 PAS12 Fv Heavy chain


分子量: 13321.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 PAS12 Fv Light chain


分子量: 13436.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
詳細

Has protein modificationY
由来についての詳細The virus was obtained from naturally infected animals, and was propagated in BHK-21 cells for ...The virus was obtained from naturally infected animals, and was propagated in BHK-21 cells for research purposes. The virus harvested from the infected BHK-21 cells was used for the microscopy sample.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2FMDV Asia1/JS/05VIRUS#1-#41RECOMBINANT
3porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12COMPLEX#5-#61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)110195
33Sus scrofa (ブタ)9823
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Mesocricetus auratus (ネズミ)10036BHK-21
23Homo sapiens (ヒト)9606
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17484 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.14 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037003
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5329542
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.8072498
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421071
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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