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- PDB-9mnm: SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mnm
タイトルSPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly.
要素HIV-1 CA
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / HIV / Mature / VLP / Lenacapavir
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Chem-QNG / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ricana, C.L. / Dick, R.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI147890 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170855 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1719875 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Lenacapavir prevents production of infectious HIV-1 by abrogating immature virus assembly.
著者: Clifton L Ricaña / Savannah G Brancato / Carolyn M Highland / Fatemeh Ekbataniamiri / Krisztina Ambrus / Juan S Rey / Mia Faerch / Bruce E Torbett / Juan R Perilla / Robert A Dick /
要旨: The HIV-1 capsid effector Lenacapavir (LEN) acts by disrupting the early (reverse transcription and nuclear entry) and late (assembly and maturation) stages of the viral lifecycle. The early stage ...The HIV-1 capsid effector Lenacapavir (LEN) acts by disrupting the early (reverse transcription and nuclear entry) and late (assembly and maturation) stages of the viral lifecycle. The early stage requires an intact Capsid consisting of a lattice of capsid protein (CA) hexamers and pentamers. Phenylalanine-Glycine (FG) containing nuclear pore proteins interact with Capsid hexamers at their FG pockets, facilitating nuclear entry. Disruption of Capsid lattice stability, or competitive binding to the FG pocket, by LEN blocks infection. Here, we provide insight into the effects of LEN on the late stage. Using a combination of cryo-EM structure determination, assembly, and viral assays, we determined that treatment of producer cells with LEN abrogates the production of infectious virus via multiple mechanisms. Previous studies have shown that HIV-1 produced from LEN treated cells have improperly formed Capsids. However, how LEN interacts with the CA domain of the Gag polyprotein during assembly, prior to maturation, is unclear. Using a viral protease (PR) defective HIV-1 clone, which traps the Gag lattice in an immature state, we found that LEN dramatically remodulates the CA domain. The resulting CA layer was mature-like despite the absence of PR cleavage. We dubbed this unnatural state as "premature" lattice. Proper immature and mature lattice formation requires inositol hexakisphosphate (IP6), but our cryo-EM work revealed a lack of IP6 in the premature lattice. These findings provide insight into the mechanisms by which LEN prevents infectious HIV-1 production.
履歴
登録2024年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02026年1月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Source and taxonomy / Structure summary
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改定 1.12026年3月11日Data content type: EM metadata
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改定 1.22026年4月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
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改定 1.22026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 CA
B: HIV-1 CA
C: HIV-1 CA
D: HIV-1 CA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7479
ポリマ－102,5224
非ポリマー4,2255
水00
1
A: HIV-1 CA
B: HIV-1 CA
C: HIV-1 CA
D: HIV-1 CA
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)640,48054
ポリマ－615,13024
非ポリマー25,34930
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C6 (6回回転対称))

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要素

#1: タンパク質
HIV-1 CA / Pr55Gag


分子量: 25630.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: Gag / プラスミド: pET SUMO / 詳細 (発現宿主): Thermo Champion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物 ChemComp-QNG / Lenacapavir / Sunlenca / GS-CA1 / GS-6207


分子量: 968.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H32ClF10N7O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HIV-1 / タイプ: VIRUS
詳細: Purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: HIV-1 (ヒト免疫不全ウイルス) / 株: BH10
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: NiCo21(DE3) / プラスミド: pET SUMO
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Capsid / 直径: 1000 nm
緩衝液pH: 6.2 / 詳細: 25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMMESC6H13NO4S1
22 mMTCEPC9H15O6P1
3500 uMLenacapavirC39H32ClF10N7O5S21
試料濃度: 13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Purified HIV-1 CASPNC protein in vitro assembled with IP6 (immature morphology). 500 uM LEN was added post assembly.
試料支持詳細: Vacuum held for 30 sec before 20 mA were applied for 45 sec.
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 103.15 K / 最低温度: 93.15 K
撮影平均露光時間: 1.731 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7510
詳細: Images were collected in movie-mode with 50 frames per image at a total dose of 50 e-/A2.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3.1粒子像選択
2SerialEM4.1画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7NAMD3.0.1モデルフィッティング
9cryoSPARC4.3.1初期オイラー角割当
10RELION5最終オイラー角割当
11RELION5分類
12RELION5３次元再構成
13NAMD3.0.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 25118581
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 594567 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Molecular dynamics flexible fitting was done using NAMD targeting cross-correlation coefficients.
原子モデル構築PDB-ID: 8G6M

8g6m


Accession code: 8G6M / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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