PDB-9mek: Structure of the human TWIK-2 potassium channel

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mek

タイトル

Structure of the human TWIK-2 potassium channel

要素

Potassium channel subfamily K member 6

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Two-pore potassium channel K2P6 TWIK2 K2P channel

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of lysosome size / Tandem of pore domain in a weak inwardly rectifying K+ channels (TWIK) / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / inward rectifier potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / potassium channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Khanra, N.K. / Long, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the human TWIK-2 potassium channel and its inhibition by pimozide
著者: Khanra, N.K. / Wang, C. / Delgado, B. / Long, S.B.

履歴

登録	2024年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mek.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mek.ent.gz	76.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mek_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mek_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9mek_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	9mek_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/9mek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/9mek	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	48216MC 9mel M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (4) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Potassium channel subfamily K member 6

B: Potassium channel subfamily K member 6

ヘテロ分子

67.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Potassium channel subfamily K member 6 / Inward rectifying potassium channel protein TWIK-2 / TWIK-originated similarity sequence 分子量: 33775.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK6, TOSS, TWIK2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y257
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル分子量: 100.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: TWIK-2 / タイプ: COMPLEX / 詳細: human TWIK-2 potassium channel / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.03374728 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

緩衝液

pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES, 150 mM KCl, pH 7.5, 0.0025 % LMNG, 0.00025 % CHS, 0.000825 % GDN

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid	HEPES	1
2	150 mM	Potassium Chloride	KCl	1
3	0.0025 %	2,2-didecylpropane-1,3-bis-beta-D-maltopyranoside	LMNG	1
4	0.00025 %	Cholesteryl Hemisuccinate	CHS	1
5	0.000825 %	glyco-diosgenin	GDN	1

試料

濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse recombinantly purified TWIK2

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 3.5 uL sample, blot time = 3.0 sec, blot force = 0

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 60.76 e/Å² フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU	3.8	画像取得
4	cryoSPARC	v4.5.0	CTF補正

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 22020573

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131053 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 89.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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