PDB-9m72: ASFV p15 in complex with Fab 4E2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m72

タイトル

ASFV p15 in complex with Fab 4E2

要素

Heavy chain of 4E2
Light chain of 4E2
p15

キーワード

VIRAL PROTEIN / ASFV / p15 / antibody

機能・相同性

viral capsid assembly / virion component / host cell perinuclear region of cytoplasm / Polyprotein pp62

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

Sus scrofa (ブタ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å

データ登録者

Wang, X. / Yu, Q. / Fu, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ASFV p15 in complex with Fab 4E2
著者: Wang, X. / Yu, Q. / Fu, W.

履歴

登録	2025年3月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m72.cif.gz	196.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m72.ent.gz	159.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	63667MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: p15

A: Heavy chain of 4E2

B: Light chain of 4E2

H: p15

D: Heavy chain of 4E2

F: Light chain of 4E2

I: p15

E: Heavy chain of 4E2

G: Light chain of 4E2

125 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	p15 分子量: 16842.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-94, CP530R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65179
#2: 抗体	Heavy chain of 4E2 分子量: 12983.256 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Light chain of 4E2 分子量: 11935.083 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: ASFV p15 in complex with Fab 4E2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	1	Sus scrofa (ブタ)	9823
2	1	African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (ウイルス)	10498

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	1	Escherichia coli (大腸菌)	562
2	1	Mus musculus (ハツカネズミ)	10090

緩衝液

pH: 8

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 266941 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.75 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	9006
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.429	12204
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.625	1215
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.04	1335
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1557

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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