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- PDB-9ly2: A Cryo-EM structure of LA-PTH-PTH1R-V2RT-Beta-arrestin1 complex (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ly2
タイトルA Cryo-EM structure of LA-PTH-PTH1R-V2RT-Beta-arrestin1 complex (state 1 conformation)
要素
  • Beta-arrestin-1
  • Fab30H
  • Fab30L
  • LA-PTH
  • Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,Vasopressin V2 receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PTH1R / arrestin / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / parathyroid hormone receptor activity / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / hemostasis / Activation of SMO ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / parathyroid hormone receptor activity / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / hemostasis / Activation of SMO / telencephalon development / negative regulation of interleukin-8 production / arrestin family protein binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled receptor internalization / G protein-coupled peptide receptor activity / osteoblast development / Lysosome Vesicle Biogenesis / : / stress fiber assembly / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / bone mineralization / positive regulation of Rho protein signal transduction / pseudopodium / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of vasoconstriction / negative regulation of Notch signaling pathway / endocytic vesicle / chondrocyte differentiation / bone resorption / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / cell maturation / response to cytokine / clathrin-coated pit / negative regulation of protein ubiquitination / enzyme inhibitor activity / GTPase activator activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / cytoplasmic vesicle membrane / skeletal system development / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / intracellular calcium ion homeostasis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / endocytic vesicle membrane / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / molecular adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / cell population proliferation / apical plasma membrane / endosome / Ub-specific processing proteases / nuclear body / protein ubiquitination / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V2 receptor / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / Vasopressin receptor / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain ...Vasopressin V2 receptor / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / Vasopressin receptor / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Vasopressin V2 receptor / Beta-arrestin-1 / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhao, L. / Yuan, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Cryo-EM structure of LA-PTH-PTH1R-B-arrestin1 complex (state 1 conformation)
著者: Zhao, L. / Yuan, Q.
履歴
登録2025年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-arrestin-1
C: Fab30H
E: Fab30L
L: LA-PTH
R: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,Vasopressin V2 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,9675
ポリマ－154,9675
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1 / Non-visual arrestin-2


分子量: 43995.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARRB1, ARR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49407
#2: 抗体 Fab30H


分子量: 25551.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Fab30L


分子量: 23244.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: タンパク質・ペプチド LA-PTH


分子量: 4274.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: タンパク質 Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,Vasopressin V2 receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor / ...PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor / V2R / AVPR V2 / Antidiuretic hormone receptor / Renal-type arginine vasopressin receptor


分子量: 57901.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTH1R, PTHR, PTHR1, AVPR2, ADHR, DIR, DIR3, V2R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q03431, UniProt: P30518
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A Cryo-EM structure of LA-PTH-PTH1R-V2R-Beta-arrestin1 complex (state 1 conformation)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.04
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 18000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80488 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0019044
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4612282
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.5183265
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391393
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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