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- PDB-9lt4: Cryo-EM structure of light harvesting complex 2 from Ery. sanguineus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lt4
タイトルCryo-EM structure of light harvesting complex 2 from Ery. sanguineus
要素
  • Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
  • Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light harvesting complex 2 / Erythrobacte sanguineus
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BACTERIOCHLOROPHYLL A / Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Yue, X.-Y. / Wang, G.-L. / Yu, L.-J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)ZR2019ZD48 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022SZX12 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of photocomplexes from the free-living aerobic anoxygenic phototrophic bacterium Erythrobacter sanguineus.
著者: Xing-Yu Yue / Guang-Lei Wang / Mei-Juan Zou / Fei Ma / Zheng-Yu Wang-Otomo / Michael T Madigan / Long-Jiang Yu /
要旨: Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB) are widely distributed in nature and they are important members of the marine phototrophic community. However, a structural and functional ...Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB) are widely distributed in nature and they are important members of the marine phototrophic community. However, a structural and functional understanding of the AAPB photosynthetic apparatus is still lacking. Here, we present cryo-EM structures of the LH1-RC (core) and LH2 (peripheral) photocomplexes from the model aerobic phototroph Erythrobacter (Ery.) sanguineus. The LH1 αβ-heterodimers bind the carotenoids bacteriorubixanthinal and caloxanthin-pigments that are absent from anaerobic anoxygenic phototrophs-to form a closed ring structure. Ery. sanguineus LH1-RC contains a lipid-anchored polypeptide unrelated to any of the auxiliary proteins identified in the core complexes of purple bacteria so far. The Ery. sanguineus LH2 complex shows unique absorption characteristics, with its Q transition being blue-shifted to 814 nm. This work provides structural insights into the unusual photosynthetic properties of AAPB and points to new avenues to further explore their biology.
履歴
登録2025年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
i: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
a: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
I: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
H: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
G: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
F: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
E: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
D: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
C: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
B: Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain
h: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
g: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
f: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
e: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
d: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
c: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
b: Light-harvesting protein B-800-850 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,96454
ポリマ－115,98218
非ポリマー29,98336
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Light-harvesting protein B-800/814 alpha chain


分子量: 7290.368 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
#2: タンパク質
Light-harvesting protein B-800-850 beta chain


分子量: 5596.477 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Erythrobacter sanguineus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M7SGD0
#3: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-A1ELD / (2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E})-2-[(1~{Z},3~{Z},5~{E})-8-methoxy-4,8-dimethyl-nona-1,3,5-trienyl]-6,11,15-trimethyl-17-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenal


分子量: 596.882 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H56O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: light harvesting complex 2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119391 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.74 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049414
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1113203
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.1292250
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431386
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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