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- PDB-9lrv: Cryo-EM structure of Fission yeast centromeric nucleosome Class 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lrv
タイトルCryo-EM structure of Fission yeast centromeric nucleosome Class 1
要素
  • (DNA (144-MER)) x 2
  • (Histone H3-like centromeric protein ...) x 2
  • Histone H2A-alpha
  • Histone H2B-alpha
  • Histone H4
キーワードNUCLEAR PROTEIN/DNA / Nucleosome dynamics / CENP-A / Cnp1 / kinetochore assembly / Chromosome Segregation / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / CENP-A containing chromatin / : / Condensation of Prophase Chromosomes / HATs acetylate histones / : / : / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence ...PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / CENP-A containing chromatin / : / Condensation of Prophase Chromosomes / HATs acetylate histones / : / : / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RMTs methylate histone arginines / Ub-specific processing proteases / HDACs deacetylate histones / chromosome, centromeric core domain / SUMOylation of chromatin organization proteins / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Transcriptional regulation by small RNAs / mating-type region heterochromatin / mitotic DNA damage checkpoint signaling / chromosome, subtelomeric region / CENP-A containing chromatin assembly / centromeric DNA binding / homologous chromosome segregation / rDNA heterochromatin / condensed chromosome, centromeric region / mitotic chromosome condensation / chromatin-protein adaptor activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / CENP-A containing nucleosome / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / heterochromatin formation / nucleosome / double-strand break repair / nucleosome assembly / site of double-strand break / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2A-alpha / Histone H2B-alpha / Histone H4 / Histone H3-like centromeric protein cnp1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Xiong, Y. / Zang, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2025
タイトル: Cnp1 N-terminal dynamics regulate L1 loop recognition by Mis15 to orchestrate kinetochore assembly in Schizosaccharomyces pombe.
著者: Yujie Xiong / Yanze Jian / Yongliang Zhang / Min Zhang / Xuan Zhang / Kaiming Zhang / Chuanhai Fu / Tian Tian / Jianye Zang /
要旨: Centromeres are defined by the histone H3 variant CENP-A, which serve as the foundation for kinetochore assembly and ensure faithful chromosome segregation. CENP-A nucleosomes possess distinctive ...Centromeres are defined by the histone H3 variant CENP-A, which serve as the foundation for kinetochore assembly and ensure faithful chromosome segregation. CENP-A nucleosomes possess distinctive dynamic features, including flexible DNA ends at the entry/exit sites and a mobile N-terminal region, which are properties proposed to facilitate kinetochore assembly, yet the underlying molecular mechanisms remain elusive. Here, we present cryo-electron microscopy structures of Cnp1, the Schizosaccharomyces pombe (S. pombe) ortholog of CENP-A, alone and in complex with Mis15, the fission yeast ortholog of CENP-N. By integrating structural, biochemical, and molecular dynamics analyses, we demonstrate that the N-terminal region of Cnp1 regulates both DNA-end breathing and the conformational mobility of the L1 loop, a critical structural element for Mis15 recognition. Either enhanced dynamics caused by N-terminal deletion or reduced dynamics from targeted residue substitution disrupt Mis15 binding in vitro and impair its centromeric localization in vivo, thereby compromising the earliest steps of constitutive centromere-associated network assembly. Our findings establish the Cnp1 N-terminus as a dynamic allosteric modulator of chromatin architecture and reveal an L1 loop modulation mechanism that links nucleosome flexibility to kinetochore specification and chromosome segregation fidelity in fission yeast.
履歴
登録2025年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3-like centromeric protein cnp1
B: Histone H4
C: Histone H2A-alpha
D: Histone H2B-alpha
E: Histone H3-like centromeric protein cnp1
F: Histone H4
G: Histone H2A-alpha
H: Histone H2B-alpha
I: DNA (144-MER)
J: DNA (144-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,78910
ポリマ－197,78910
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Histone H3-like centromeric protein ... , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 Histone H3-like centromeric protein cnp1 / Centromere protein 1 / CENP-A homolog / CENPA homolog / Silencing in the middle of the centromere protein 2


分子量: 14737.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: cnp1, sim2, SPBC1105.17
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
参照: UniProt: Q9Y812
#5: タンパク質 Histone H3-like centromeric protein cnp1 / Centromere protein 1 / CENP-A homolog / CENPA homolog / Silencing in the middle of the centromere protein 2


分子量: 13908.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: cnp1, sim2, SPBC1105.17
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
参照: UniProt: Q9Y812

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タンパク質 , 3種, 6分子 BFCGDH

#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11450.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: hhf1, h4.1, SPAC1834.03c, hhf2, h4.2, pi061, SPBC8D2.03c, hhf3, h4.3, SPBC1105.12
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
参照: UniProt: P09322
#3: タンパク質 Histone H2A-alpha / H2A.1


分子量: 13902.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: hta1, SPCC622.08c
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
参照: UniProt: P04909
#4: タンパク質 Histone H2B-alpha / H2B.1


分子量: 13844.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: htb1, SPCC622.09
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
参照: UniProt: P04913

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#6: DNA鎖 DNA (144-MER)


分子量: 45098.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
#7: DNA鎖 DNA (144-MER)


分子量: 45650.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM density maps of the Cnp1 nucleosome, with Class 1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
由来(組換発現)生物種: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI MORGAGNI
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
11cryoSPARC3最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1262686
3次元再構成解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 429911 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.99 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00412438
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51218061
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d31.4113706
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0322076
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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