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万見
- PDB-9lr9: Local reconstruction of bovine adenovirus type 3 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lr9
タイトルLocal reconstruction of bovine adenovirus type 3 capsid
要素
  • (Pre-hexon-linking protein ...) x 2
  • Hexon protein
  • PIX
  • PV
  • PVI
  • PX
  • Penton protein
  • Pre-histone-like nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / virion component / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / virion component / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Adenovirus late L2 mu core / Adenovirus late L2 mu core protein (Protein X) / Adenovirus core-capsid bridging protein V / Adenovirus minor core protein PV / Adenoviral core protein VII / Adenoviral core protein VII / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal ...Adenovirus late L2 mu core / Adenovirus late L2 mu core protein (Protein X) / Adenovirus core-capsid bridging protein V / Adenovirus minor core protein PV / Adenoviral core protein VII / Adenoviral core protein VII / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-histone-like nucleoprotein / Pre-hexon-linking protein VIII / Penton protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / PVI / PV / PX / Hexon protein / PIX
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine adenovirus 3 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Xiao, H. / Liu, H.R.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371263 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401014 中国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into Minor and Core Proteins of Bovine Adenovirus 3: Bridging Capsid and Genomic Core.
著者: Hao Xiao / Hao Pang / Junquan Zhou / Hao Feng / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Li Wang / Hongrong Liu /
要旨: Adenoviruses are double-stranded DNA viruses with broad relevance to human and animal health and considerable potential as therapeutic vectors. Despite extensive studies, the structural details of ...Adenoviruses are double-stranded DNA viruses with broad relevance to human and animal health and considerable potential as therapeutic vectors. Despite extensive studies, the structural details of core and minor capsid proteins in adenoviruses remain poorly understood. In this study, the architecture of bovine adenovirus type 3 (BAdV-3), a member of the Mastadenovirus genus, was solved by cryo-electron microscopy. Our structure shows that BAdV-3 shares significant structural conservation with human adenoviruses. Atomic models were constructed for a previously uncharacterized region of the minor protein VI and for the core proteins V and Mu. The study revealed how core proteins bridge the genome and capsid, underscore the multifaceted roles of protein V in strengthening capsid stability and facilitating genome release.
履歴
登録2025年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexon protein
B: PVI
C: Pre-histone-like nucleoprotein
D: Hexon protein
E: PX
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Pre-hexon-linking protein IIIa
L: PVI
M: PV
N: Pre-hexon-linking protein VIII
O: PIX
P: PIX
Q: PIX
R: Pre-hexon-linking protein VIII
S: PVI
T: PVI
U: Pre-histone-like nucleoprotein
V: PIX
X: Hexon protein
Y: Hexon protein
Z: PVI
a: PVI
b: PVI
c: PVI
d: PVI
e: Pre-histone-like nucleoprotein
f: Pre-histone-like nucleoprotein
g: Hexon protein
h: Hexon protein
i: Hexon protein
j: Penton protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,842,70735
ポリマ－1,842,70735
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 32分子 ADFGHIJXYghiBLSTZabcdCUefEMOPQVj

#1: タンパク質
Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 103148.008 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: P03278
#2: タンパク質
PVI


分子量: 28249.350 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A9W3HR60
#3: タンパク質
Pre-histone-like nucleoprotein / Pre-core protein VII / pVII


分子量: 19002.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A9W3HR39
#4: タンパク質 PX / Core protein Mu


分子量: 8514.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A9W3N2I0
#6: タンパク質 PV / Core protein V


分子量: 45388.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A9W3N256
#8: タンパク質
PIX / Protein IX


分子量: 13719.456 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q64845
#9: タンパク質 Penton protein / CP-P / Penton base protein / Protein III


分子量: 55135.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A9W3HR47

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Pre-hexon-linking protein ... , 2種, 3分子 KNR

#5: タンパク質 Pre-hexon-linking protein IIIa / Capsid vertex-specific component IIIa / CVSC / Protein IIIa / pIIIa


分子量: 63270.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A9W3HR52
#7: タンパク質 Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VIII / pVIII


分子量: 23746.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine adenovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A9W3HR45

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bovine adenovirus 3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bovine adenovirus 3 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45262 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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