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- PDB-9lgo: Cryo-EM structure of the SPATA5-SPATA5L1-CINP-C1orf109 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lgo
タイトルCryo-EM structure of the SPATA5-SPATA5L1-CINP-C1orf109 complex
要素
  • (ATPase family gene 2 protein homolog ...) x 2
  • Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
  • cDNA FLJ55172
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / ribosomal biogenesis / SPATA5 / ATPase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome binding / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / retrograde protein transport, ER to cytosol / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / ribosomal large subunit biogenesis / brain development / spindle ...preribosome binding / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / retrograde protein transport, ER to cytosol / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / ribosomal large subunit biogenesis / brain development / spindle / spermatogenesis / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / DNA replication / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) ...Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / cDNA FLJ55172 / ATPase family gene 2 protein homolog A / ATPase family gene 2 protein homolog B / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Dai, Y. / Zhang, Y. / Gao, N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32230051 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of the SPATA5-SPATA5L1-CINP-C1orf109 complex
著者: Dai, Y. / Zhang, Y. / Gao, N.
履歴
登録2025年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase family gene 2 protein homolog A
J: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
I: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
H: cDNA FLJ55172
G: cDNA FLJ55172
F: ATPase family gene 2 protein homolog B
E: ATPase family gene 2 protein homolog A
D: ATPase family gene 2 protein homolog A
C: ATPase family gene 2 protein homolog B
B: ATPase family gene 2 protein homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)672,03419
ポリマ－667,95210
非ポリマー4,0829
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ATPase family gene 2 protein homolog ... , 2種, 6分子 AEDBFC

#1: タンパク質
ATPase family gene 2 protein homolog A / AFG2 AAA ATPase homolog A / Ribosome biogenesis protein SPATA5 / Spermatogenesis-associated factor ...AFG2 AAA ATPase homolog A / Ribosome biogenesis protein SPATA5 / Spermatogenesis-associated factor protein / Spermatogenesis-associated protein 5


分子量: 97276.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFG2A, SPAF, SPATA5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NB90, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#4: タンパク質 ATPase family gene 2 protein homolog B / AFG2 AAA ATPase homolog B / Ribosome biogenesis protein SPATA5L1 / Spermatogenesis-associated ...AFG2 AAA ATPase homolog B / Ribosome biogenesis protein SPATA5L1 / Spermatogenesis-associated protein 5-like protein 1


分子量: 80409.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFG2B, SPATA5L1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9BVQ7, non-chaperonin molecular chaperone ATPase

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タンパク質 , 2種, 4分子 JIHG

#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / CDK2-interacting protein


分子量: 27421.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CINP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BW66
#3: タンパク質 cDNA FLJ55172 / C1orf109(Long isoform)


分子量: 31592.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B4DRQ5

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非ポリマー , 2種, 9分子

#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The SPATA5 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194789 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.51 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00739257
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.24553223
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.4345362
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0636182
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0116850

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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