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万見
- PDB-9leb: DNA polymerase holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9leb
タイトルDNA polymerase holoenzyme
要素
  • DNA (25-MER)
  • DNA (38-MER)
  • DNA polymerase
  • DNA polymerase processivity factor
  • Uracil-DNA glycosylase
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / DNA replication holoenzyme / DNA molecule / MPXV / F8-A22-E4 complex / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil DNA N-glycosylase activity / viral DNA genome replication / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / nucleotide binding / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase / DNA polymerase processivity factor / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Wang, N. / Li, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of 2a as a Potent Inhibitor of MPXV: Mechanistic and Structural Characterization
著者: Wang, N. / Li, Y.
履歴
登録2025年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: Uracil-DNA glycosylase
C: DNA polymerase processivity factor
P: DNA (25-MER)
T: DNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,2537
ポリマ－210,7285
非ポリマー5242
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 117057.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: OPG071, POL, MPXVgp056 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: A0A7H0DN44, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase


分子量: 25107.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: E4R, UNG, MPXV-CAM1990_02-093, MPXV-Congo_8-094, MPXV-COP-095, MPXV-GAB1988_001-094, MPXV-Ikubi-093, MPXV-M2940_FCT-099, MPXV-M2957_Lagos-099, MPXV-M3021_Delta-099, MPXV-M5320_M15_Bayelsa- ...遺伝子: E4R, UNG, MPXV-CAM1990_02-093, MPXV-Congo_8-094, MPXV-COP-095, MPXV-GAB1988_001-094, MPXV-Ikubi-093, MPXV-M2940_FCT-099, MPXV-M2957_Lagos-099, MPXV-M3021_Delta-099, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-092, MPXV-Nig_SEV71_2_82-094, MPXV-PCH-096, MPXV-Singapore-099, MPXV-SL-095, MPXV-UK_P1-099, MPXV-UK_P2-099, MPXV-UK_P3-099, MPXV-USA2003_099_GR-099, MPXV-USA2003_206_DM-099, MPXV-USA2003_223_RS-099, MPXV-UTC-090, MPXV-W_Nigeria-094, MPXV-WRAIR095, MPXV297957_090, MPXV298464_081, MPXV_DRC_Yandongi_102, MPXV_LIB1970_184_106, MPXV_RCG2003_358_106, MPXV_SUD2005_01_102, MPXV_USA2003_039_106, MPXV_USA2003_044_106, MPXV_ZAI1979_005_106, MPXVgp101, PDLMKLCO_00104
発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q5IXS4
#3: タンパク質 DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor component A20 / MPXV-COP-126 / MPXV-SL-126 / MPXV-WRAIR126 / ...DNA polymerase processivity factor component A20 / MPXV-COP-126 / MPXV-SL-126 / MPXV-WRAIR126 / MPXVgp132 / Viral DNA polymerase processivity factor


分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: A22R, MPXV-COP-126, MPXV-M2940_FCT-131, MPXV-M2957_Lagos-131, MPXV-M3021_Delta-131, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-124, MPXV-Nig_SEV71_2_82-126, MPXV-PCH-128, MPXV-Singapore-131, MPXV-SL-126, MPXV- ...遺伝子: A22R, MPXV-COP-126, MPXV-M2940_FCT-131, MPXV-M2957_Lagos-131, MPXV-M3021_Delta-131, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-124, MPXV-Nig_SEV71_2_82-126, MPXV-PCH-128, MPXV-Singapore-131, MPXV-SL-126, MPXV-UK_P1-131, MPXV-UK_P2-131, MPXV-UK_P3-131, MPXV-USA2003_099_GR-131, MPXV-USA2003_206_DM-131, MPXV-USA2003_223_RS-131, MPXV-UTC-122, MPXV-W_Nigeria-126, MPXV-WRAIR126, MPXV297957_122, MPXV298464_113, MPXV_LIB1970_184_138, MPXV_USA2003_039_138, MPXV_USA2003_044_138, PDLMKLCO_00135
発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q5IXP2

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#4: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7681.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾)
#5: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 11677.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-A1EKM / [[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-4-fluoranyl-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 500.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16FN2O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Monkeypox virus / タイプ: VIRUS
詳細: DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 in complex with a DNA duplex and 2f-TP
Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SUBSPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 347619 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00714188
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66319416
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.9932190
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0472203
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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