PDB-9lc1: portal of mature phage N4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lc1

タイトル

portal of mature phage N4

要素

Probable portal protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Complex

機能・相同性

: / Phage SU10 portal protein / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virion component / Probable portal protein

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage N4 (ファージ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Liu, H. / Chen, W.

資金援助

中国, 7件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	12034006	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32430020	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071209	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32200994	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32401014	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32271329	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071262	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: portal of mature phage N4
著者: Liu, H. / Chen, W.

履歴

登録	2025年1月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lc1.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lc1.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lc1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lc1_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9lc1_validation.xml.gz	183.9 KB	表示
CIF形式データ	9lc1_validation.cif.gz	285.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/9lc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/9lc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62962MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable portal protein

B: Probable portal protein

C: Probable portal protein

D: Probable portal protein

E: Probable portal protein

F: Probable portal protein

G: Probable portal protein

H: Probable portal protein

I: Probable portal protein

J: Probable portal protein

K: Probable portal protein

L: Probable portal protein

1.03 MDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Probable portal protein / 94 kDa protein / Gene product 59 / gp59 / Head-to-tail connector 分子量: 85642.523 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage N4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0MZE1
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Escherichia phage N4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Escherichia phage N4 (ファージ)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIROID
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 32 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47179 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	65424
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.419	88500
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.605	8724
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.038	9744
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	11748

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)