PDB-9lab: Cryo-EM structure of Shewanella oneidensis MR-1 MshA pili.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lab

タイトル

Cryo-EM structure of Shewanella oneidensis MR-1 MshA pili.

要素

MSHA major pilin subunit MshA

キーワード

CELL ADHESION / MSHA major pilin subunit MshA

機能・相同性

Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / membrane / MSHA major pilin subunit MshA

機能・相同性情報

生物種

Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Li, D.N. / Liu, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MSHA major pilin subunit MshA
著者: Li, D.N. / Liu, C.

履歴

登録	2025年1月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lab.cif.gz	201 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lab.ent.gz	163.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/9lab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/9lab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62924MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

B: MSHA major pilin subunit MshA

C: MSHA major pilin subunit MshA

D: MSHA major pilin subunit MshA

E: MSHA major pilin subunit MshA

F: MSHA major pilin subunit MshA

G: MSHA major pilin subunit MshA

H: MSHA major pilin subunit MshA

I: MSHA major pilin subunit MshA

141 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	MSHA major pilin subunit MshA 分子量: 17670.186 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8EA04
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Cryo-EM structure of Shewanella oneidensis MR-1 MshA pili. タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: FEI TECNAI 12
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 55 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: NONE

らせん対称

回転角度/サブユニット: 81.06 ° / 軸方向距離/サブユニット: 11.92 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15544 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	9144
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.565	12432
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	8.137	5448
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.038	1528
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1560

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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