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- PDB-9l5s: Cryo-EM structure of the thermophile spliceosome (state B*Q1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l5s
タイトルCryo-EM structure of the thermophile spliceosome (state B*Q1)
要素
  • (Pre-mRNA-processing ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 3
  • (Putative pre-mRNA splicing ...) x 8
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 4
  • Anaphase-promoting complex subunit 4-like WD40 domain-containing protein
  • CCDC12
  • Delta(14)-sterol reductase
  • GCFC2
  • GPATCH1
  • Nineteen complex-related protein 2-domain-containing protein
  • PRP17
  • PRP8
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Pre-mRNA-splicing factor
  • Putative bud site selection protein
  • RNA helicase
  • SNU114
  • Sm protein B
  • Sm protein F
  • Suppressor of forked domain-containing protein
  • TFIP11
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • Unknown mRNA
キーワードSPLICING/RNA / Spilceosome / DHX15 / DHX35 / GPATCH1 / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Delta14-sterol reductase activity / spliceosomal complex disassembly / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / ergosterol biosynthetic process / spliceosomal snRNP complex / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding ...Delta14-sterol reductase activity / spliceosomal complex disassembly / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / ergosterol biosynthetic process / spliceosomal snRNP complex / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNP / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / spliceosomal complex / helicase activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / ubiquitin protein ligase activity / protein folding / hydrolase activity / RNA helicase / DNA repair / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sterol biosynthesis ERG24/DHCR-like / Sterol reductase, conserved site / Ergosterol biosynthesis ERG4/ERG24 family / Sterol reductase family signature 1. / Sterol reductase family signature 2. / mRNA splicing factor Cwf18-like / : / cwf18 pre-mRNA splicing factor / Nineteen complex-related protein 2 / PRP39 C-terminal HAT repeat ...Sterol biosynthesis ERG24/DHCR-like / Sterol reductase, conserved site / Ergosterol biosynthesis ERG4/ERG24 family / Sterol reductase family signature 1. / Sterol reductase family signature 2. / mRNA splicing factor Cwf18-like / : / cwf18 pre-mRNA splicing factor / Nineteen complex-related protein 2 / PRP39 C-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / cwf21 / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Torus domain / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / Torus domain / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / Helix hairpin bin domain superfamily / : / : / PRP39 N-terminal HAT repeat / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / Myb-like domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / : / AAA domain / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / : / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / DNA2/NAM7-like helicase / : / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Myb-like DNA-binding domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / U-box domain profile. / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Modified RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / U-box domain / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-M7M / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Sm protein F / Putative pre-mRNA splicing protein / RNA helicase / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-M7M / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Sm protein F / Putative pre-mRNA splicing protein / RNA helicase / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Putative pre-mRNA splicing protein / Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / Pre-mRNA splicing protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Delta(14)-sterol reductase / Putative pre-mRNA splicing protein / Putative bud site selection protein / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Putative pre-mRNA splicing protein / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Putative pre-mRNA splicing protein / Small nuclear ribonucleoprotein E / Anaphase-promoting complex subunit 4-like WD40 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-splicing factor / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Nineteen complex-related protein 2-domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, Y. / Fischer, P. / Wang, M. / Yuan, R. / Meng, W. / Luehrmann, R. / Lau, B. / Hurt, E. / Cheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2025
タイトル: Structural insights into spliceosome fidelity: DHX35-GPATCH1- mediated rejection of aberrant splicing substrates.
著者: Yi Li / Paulina Fischer / Mengjiao Wang / Qianxing Zhou / Aixia Song / Rui Yuan / Wanyu Meng / Fei Xavier Chen / Reinhard Lührmann / Benjamin Lau / Ed Hurt / Jingdong Cheng /
要旨: The spliceosome, a highly dynamic macromolecular assembly, catalyzes the precise removal of introns from pre-mRNAs. Recent studies have provided comprehensive structural insights into the step-wise ...The spliceosome, a highly dynamic macromolecular assembly, catalyzes the precise removal of introns from pre-mRNAs. Recent studies have provided comprehensive structural insights into the step-wise assembly, catalytic splicing and final disassembly of the spliceosome. However, the molecular details of how the spliceosome recognizes and rejects suboptimal splicing substrates remained unclear. Here, we show cryo-electron microscopy structures of spliceosomal quality control complexes from a thermophilic eukaryote, Chaetomium thermophilum. The spliceosomes, henceforth termed B*, are stalled at a catalytically activated state but prior to the first splicing reaction due to an aberrant 5' splice site conformation. This state is recognized by G-patch protein GPATCH1, which is docked onto PRP8-EN and -RH domains and has recruited the cognate DHX35 helicase to its U2 snRNA substrate. In B*, DHX35 has dissociated the U2/branch site helix, while the disassembly helicase DHX15 is docked close to its U6 RNA 3'-end substrate. Our work thus provides mechanistic insights into the concerted action of two spliceosomal helicases in maintaining splicing fidelity by priming spliceosomes that are bound to aberrant splice substrates for disassembly.
履歴
登録2024年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Additional map / Part number: 4 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: U2 snRNA
5: U5 snRNA
6: U6 snRNA
A: PRP8
B: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
C: SNU114
E: Anaphase-promoting complex subunit 4-like WD40 domain-containing protein
F: CCDC12
I: Putative pre-mRNA splicing protein
J: Suppressor of forked domain-containing protein
L: Putative pre-mRNA splicing protein
K: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
q: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
s: Pre-mRNA-processing factor 19
N: Putative bud site selection protein
S: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
T: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
M: Putative pre-mRNA splicing protein
0: Putative pre-mRNA splicing protein
R: Pre-mRNA-processing protein 45
W: PRP17
P: Putative pre-mRNA splicing protein
Y: Pre-mRNA-splicing factor
1: GPATCH1
z: RNA helicase
j: Small nuclear ribonucleoprotein E
k: Small nuclear ribonucleoprotein G
l: Sm protein F
m: Delta(14)-sterol reductase
o: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
p: Sm protein B
u: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
V: Putative pre-mRNA splicing protein
Z: Putative pre-mRNA splicing protein
CY: Nineteen complex-related protein 2-domain-containing protein
Ck: GCFC2
Cb: TFIP11
8: Unknown mRNA
CV: Putative pre-mRNA splicing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,181,41848
ポリマ－2,180,12241
非ポリマー1,2967
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 2568

#1: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 61393.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 36997.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
#3: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 32443.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: GenBank: 170940748
#37: RNA鎖 Unknown mRNA


分子量: 7235.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

-
タンパク質 , 17種, 17分子 ACEFJNSWY1zlmpCYCkCb

#4: タンパク質 PRP8


分子量: 285131.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
#6: タンパク質 SNU114


分子量: 113867.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
#7: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4-like WD40 domain-containing protein / U5-40K


分子量: 38229.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S9U7
#8: タンパク質 CCDC12


分子量: 25360.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SDJ6
#10: タンパク質 Suppressor of forked domain-containing protein / SYF3


分子量: 82195.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S0H7
#14: タンパク質 Putative bud site selection protein / BUD31


分子量: 17176.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S4Q2
#15: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIL1 / PPIase


分子量: 18361.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S1V3, peptidylprolyl isomerase
#20: タンパク質 PRP17


分子量: 61222.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S2N1
#22: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor / AQR


分子量: 161045.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SFN9
#23: タンパク質 GPATCH1


分子量: 75861.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
#24: タンパク質 RNA helicase / DHX35


分子量: 74989.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RZD6, RNA helicase
#27: タンパク質 Sm protein F / smF


分子量: 10727.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RY82
#28: タンパク質 Delta(14)-sterol reductase / smD2 / C-14 sterol reductase / Sterol C14-reductase


分子量: 66785.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S405
#30: タンパク質 Sm protein B / smB/B'


分子量: 21425.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SHQ3
#34: タンパク質 Nineteen complex-related protein 2-domain-containing protein / GCFC2


分子量: 56472.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SI54
#35: タンパク質 GCFC2


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
#36: タンパク質 TFIP11


分子量: 59591.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 3種, 3分子 BKT

#5: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / SYF2


分子量: 36945.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S5N3
#12: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / SPF27


分子量: 25550.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SDM8
#16: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / PLRG1 / Pre-mRNA-processing protein 46


分子量: 54207.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S066

-
Putative pre-mRNA splicing ... , 8種, 8分子 ILM0PVZCV

#9: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing protein / SYF1


分子量: 97944.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S620
#11: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing protein / CDC5L


分子量: 86636.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S8A6
#17: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing protein / ECM2


分子量: 42241.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RYD8
#18: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing protein / CWC2


分子量: 45885.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S7S7
#21: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing protein / CWC15


分子量: 28956.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S754
#32: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing protein / SRRM2


分子量: 26329.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S4I7
#33: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing protein / CWC22


分子量: 76518.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S5W9
#38: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing protein / ISY1 / G0RZZ0


分子量: 28376.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RZZ0

-
Pre-mRNA-processing ... , 2種, 5分子 qtrsR

#13: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / PRP19


分子量: 51844.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SFY0, RING-type E3 ubiquitin transferase
#19: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45 / SKIP


分子量: 65034.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SF87

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 4種, 4分子 jkou

#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / smE / snRNP-E / Sm protein E


分子量: 10967.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S8J0
#26: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / smG / snRNP-G


分子量: 9259.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SI53
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / smD1 / snRNP core protein D1


分子量: 13033.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RZL0
#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / smD3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 12708.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SG70

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非ポリマー , 4種, 7分子

#39: 化合物 ChemComp-M7M / N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate)


分子量: 487.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H23N5O11P2
#40: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#41: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#42: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Spliceosome in state B*Q1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#38 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4RELIONCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正詳細: Relion / タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66478 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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