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- PDB-9l4l: Structure of human SCMCcore complex contain NLRP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l4l
タイトルStructure of human SCMCcore complex contain NLRP2
要素
  • NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2
  • NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
  • Oocyte-expressed protein homolog
  • Transducin-like enhancer protein 6
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic process involved in female pregnancy / subcortical maternal complex / Pyrin domain binding / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity ...embryonic process involved in female pregnancy / subcortical maternal complex / Pyrin domain binding / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / cortical granule / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of embryonic development / regulation of establishment of protein localization / mitochondrion localization / embryonic pattern specification / flagellated sperm motility / establishment of spindle localization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of double-strand break repair / exocytosis / replication fork processing / regulation of cell division / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / sperm midpiece / tubulin binding / actin filament organization / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / regulation of protein localization / regulation of inflammatory response / cell cortex / spermatogenesis / transcription regulator complex / inflammatory response / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain ...KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Oocyte-expressed protein homolog / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Transducin-like enhancer protein 6 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ou, G.J. / Liu, Q.T. / Jiao, H.Z. / Han, Z. / Li, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82401959 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural assembly of the subcortical maternal complex SCMC
著者: Ou, G.J. / Liu, Q.T.
履歴
登録2024年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2
D: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
B: Oocyte-expressed protein homolog
C: Transducin-like enhancer protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,9024
ポリマ－335,9024
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2 / Nucleotide-binding site protein 1 / PYRIN domain and NACHT domain-containing protein 1 / PYRIN- ...Nucleotide-binding site protein 1 / PYRIN domain and NACHT domain-containing protein 1 / PYRIN-containing APAF1-like protein 2


分子量: 120666.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP2, NALP2, NBS1, PAN1, PYPAF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX02
#2: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Mater protein homolog / Maternal Antigen that Embryos Require


分子量: 134499.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP5, MATER, NALP5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59047
#3: タンパク質 Oocyte-expressed protein homolog / KH homology domain-containing protein 2 / Oocyte- and embryo-specific protein 19 / hOEP19


分子量: 17194.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OOEP, C6orf156, KHDC2, OEP19 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A6NGQ2
#4: タンパク質 Transducin-like enhancer protein 6


分子量: 63541.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLE6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H808
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human SCMCcore complex contains NLRP2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 229.09 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMTris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
35 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Vitrification carried out in argon atmosphere

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 51.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3186536 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00618568
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.79225143
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.3562476
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392850
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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