[日本語] English
万見
- PDB-9l3z: Cryo-EM structure of the inactive chemokine-like receptor 1 (CMKLR1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l3z
タイトルCryo-EM structure of the inactive chemokine-like receptor 1 (CMKLR1)
要素
  • Chemerin-like receptor 1,Soluble cytochrome b562
  • LRH7-C2
  • The heavy chain of anti-BRIL Fab
  • The light chain of anti-BRIL Fab
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / CMKLR1 / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / complement receptor activity / chemokine receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of fat cell differentiation ...adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / complement receptor activity / chemokine receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of fat cell differentiation / regulation of calcium-mediated signaling / skeletal system development / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / chemotaxis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chemerin-like receptor 1 / Formyl peptide receptor-related / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Chemerin-like receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zhu, Y. / He, M. / Wu, B. / Zhao, Q.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)2022YFA1302900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401012 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the distinct ligand recognition and signaling of the chemerin receptors CMKLR1 and GPR1.
著者: Xiaowen Lin / Lechen Zhao / Heng Cai / Xiaohua Chang / Yuxuan Tang / Tianyu Luo / Mengdan Wu / Cuiying Yi / Limin Ma / Xiaojing Chu / Shuo Han / Qiang Zhao / Beili Wu / Maozhou He / Ya Zhu /
履歴
登録2024年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: The heavy chain of anti-BRIL Fab
L: The light chain of anti-BRIL Fab
A: Chemerin-like receptor 1,Soluble cytochrome b562
C: LRH7-C2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4494
ポリマ－107,4494
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: 抗体 The heavy chain of anti-BRIL Fab


分子量: 26917.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体 The light chain of anti-BRIL Fab


分子量: 23586.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: タンパク質 Chemerin-like receptor 1,Soluble cytochrome b562 / Chemokine-like receptor 1 / G-protein coupled receptor ChemR23 / G-protein coupled receptor DEZ / ...Chemokine-like receptor 1 / G-protein coupled receptor ChemR23 / G-protein coupled receptor DEZ / Cytochrome b-562


分子量: 56102.949 Da / 分子数: 1 / Mutation: F259D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: CMKLR1, CHEMR23, DEZ, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99788, UniProt: P0ABE7
#4: タンパク質・ペプチド LRH7-C2


分子量: 842.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: CMKLR1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab and the antagonist LRH7-C2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Escherichia coli (大腸菌)562
31Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260967 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.9 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る