PDB-9l1o: Cryo-EM structure of the ICT01-BTN3A1/BTN3A2 complex, local refinement

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9l1o

タイトル

Cryo-EM structure of the ICT01-BTN3A1/BTN3A2 complex, local refinement

要素

Butyrophilin subfamily 3 member A2
ICT01 heavy chain
ICT01 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / receptor / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

Butyrophilin (BTN) family interactions / T cell mediated immunity / regulation of cytokine production / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Xin, W.Z. / Huang, B.D. / Zhou, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: local refinement of the ICT01-BTN3A1/BTN3A2 complex at 3.7 Angstroms resolution
著者: Xin, W.Z. / Huang, B.D. / Zhou, Q.

履歴

登録	2024年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月17日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月17日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月17日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月17日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月17日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月17日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9l1o.cif.gz	113.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9l1o.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9l1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/9l1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/9l1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62750MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Butyrophilin subfamily 3 member A2

H: ICT01 heavy chain

L: ICT01 light chain

90.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Butyrophilin subfamily 3 member A2 分子量: 37175.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN3A2, BT3.2, BTF3, BTF4 / 細胞株 (発現宿主): ExpiHEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78410
#2: 抗体	ICT01 heavy chain 分子量: 27789.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiHEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	ICT01 light chain 分子量: 25968.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiHEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: ICT01-BTN3A1/BTN3A2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
12	PHENIX	1.20.1	３次元再構成
13	EMAN2	2.99.62	３次元再構成
14	PHENIX	1.20.1	モデル精密化
15	EMAN2	2.99.62	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 311879 / 対称性のタイプ: POINT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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