PDB-9kqr: Cryo-EM Structure of Mature Semliki Forest Virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kqr

タイトル

Cryo-EM Structure of Mature Semliki Forest Virus

要素

Capsid protein
Envelope glycoprotein E2
Spike glycoprotein E1

キーワード

VIRAL PROTEIN / alphavirus / Semliki Forest Virus

機能・相同性

機能・相同性情報

togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / virion assembly / small molecule binding / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å

データ登録者

Jia, X. / Li, S. / Zhang, Q. / He, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Dian Zi Xian Wei Xue Bao / 年: 2025
タイトル: Structural study of Semliki Forest virus through Cryo-EM
著者: Jia, X. / Li, S. / Yu, H. / Zhang, Q. / He, J.

履歴

登録	2024年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kqr.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kqr.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kqr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kqr_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kqr_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9kqr_validation.xml.gz	131.1 KB	表示
CIF形式データ	9kqr_validation.cif.gz	196.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/9kqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/9kqr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62513MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (3) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

k: Envelope glycoprotein E2

l: Capsid protein

j: Spike glycoprotein E1

b: Envelope glycoprotein E2

c: Capsid protein

a: Spike glycoprotein E1

e: Envelope glycoprotein E2

f: Capsid protein

d: Spike glycoprotein E1

h: Envelope glycoprotein E2

i: Capsid protein

g: Spike glycoprotein E1

497 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Envelope glycoprotein E2 / Spike glycoprotein E2 分子量: 46870.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) 参照: UniProt: P0DJZ6
#2: タンパク質	Capsid protein / Coat protein / C 分子量: 29920.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) 参照: UniProt: P0DJZ6, togavirin
#3: タンパク質	Spike glycoprotein E1 / E1 envelope glycoprotein 分子量: 47488.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) 参照: UniProt: P03315
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Semliki Forest virus / タイプ: VIRUS 詳細: Mature Semliki Forest Virus Voron isolated from infected Vero cell Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 739620 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 111.07 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0026	32260
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.5504	43936
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0431	4880
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0044	5684
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.6398	4416

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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