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- PDB-9ko2: A Cryo_EM structure of CCR7 complex with CCL19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ko2
タイトルA Cryo_EM structure of CCR7 complex with CCL19
要素
  • C-C chemokine receptor type 7
  • C-C motif chemokine 19
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / CCR7 / CCL19
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dendritic cell dendrite assembly / positive regulation of hypersensitivity / chemokine (C-C motif) ligand 19 binding / chemokine (C-C motif) ligand 21 binding / C-C motif chemokine 19 receptor activity / C-C motif chemokine 21 receptor activity / : / regulation of dendritic cell dendrite assembly / myeloid dendritic cell chemotaxis / CCL19-activated CCR7 signaling pathway ...positive regulation of dendritic cell dendrite assembly / positive regulation of hypersensitivity / chemokine (C-C motif) ligand 19 binding / chemokine (C-C motif) ligand 21 binding / C-C motif chemokine 19 receptor activity / C-C motif chemokine 21 receptor activity / : / regulation of dendritic cell dendrite assembly / myeloid dendritic cell chemotaxis / CCL19-activated CCR7 signaling pathway / CCL21-activated CCR7 signaling pathway / CCR7 chemokine receptor binding / CCR10 chemokine receptor binding / positive regulation of immunological synapse formation / positive regulation of T cell costimulation / positive regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / positive regulation of humoral immune response / lymphocyte migration into lymph node / mature conventional dendritic cell differentiation / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / establishment of T cell polarity / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / regulation of interleukin-1 beta production / chemokine receptor binding / regulation of cell projection assembly / immunological synapse formation / CCR chemokine receptor binding / regulation of type II interferon production / positive regulation of pseudopodium assembly / cell communication / negative thymic T cell selection / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / C-C chemokine receptor activity / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / ruffle organization / regulation of Cdc42 protein signal transduction / chemokine activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of filopodium assembly / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of cell motility / response to nitric oxide / positive regulation of cell-matrix adhesion / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of Rac protein signal transduction / homeostasis of number of cells / positive regulation of endocytosis / adenylate cyclase inhibitor activity / cell maturation / T cell costimulation / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of T cell proliferation / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of cell adhesion / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / positive regulation of interleukin-1 beta production / cell chemotaxis / Regulation of insulin secretion / calcium-mediated signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / cellular response to virus / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / centriolar satellite / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / intracellular calcium ion homeostasis / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / Activation of G protein gated Potassium channels
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 7 / Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like ...CC chemokine receptor 7 / Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / : / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C chemokine receptor type 7 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / C-C motif chemokine 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Yuan, Q. / Duan, J. / Cao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Cryo_EM structure of CCR7 complex with CCL19
著者: Yuan, Q. / Duan, J. / Cao, Y.
履歴
登録2024年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: C-C motif chemokine 19
R: C-C chemokine receptor type 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6634
ポリマ－127,6634
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40459.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63096, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 40095.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 C-C motif chemokine 19 / Beta-chemokine exodus-3 / CK beta-11 / Epstein-Barr virus-induced molecule 1 ligand chemokine / ...Beta-chemokine exodus-3 / CK beta-11 / Epstein-Barr virus-induced molecule 1 ligand chemokine / EBI1 ligand chemokine / ELC / Macrophage inflammatory protein 3 beta / MIP-3-beta / Small-inducible cytokine A19


分子量: 7865.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL19, ELC, MIP3B, SCYA19
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99731
#4: タンパク質 C-C chemokine receptor type 7 / C-C CKR-7 / CC-CKR-7 / CCR-7 / BLR2 / CDw197 / Epstein-Barr virus-induced G-protein coupled ...C-C CKR-7 / CC-CKR-7 / CCR-7 / BLR2 / CDw197 / Epstein-Barr virus-induced G-protein coupled receptor 1 / EBI1 / EBV-induced G-protein coupled receptor 1 / MIP-3 beta receptor


分子量: 39243.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCR7, CMKBR7, EBI1, EVI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32248
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A Cryo_EM structure of CCR7 complex with CCL19 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.04
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 18000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178837 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.98 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0026786
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4529231
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.4742312
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391106
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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