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- PDB-9k41: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k41
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry)
要素
  • (15.2.2 DNA (147- ...) x 2
  • Histone H2B.1
  • Histone H3.1
  • Histone H4
  • Probable histone H2A.7
キーワードNUCLEAR PROTEIN/DNA / nucleosome / histone / H2A.W / Arabidopsis / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


heterochromatin organization / chromocenter / thylakoid / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / plastid / heterochromatin / pericentric heterochromatin / chloroplast ...heterochromatin organization / chromocenter / thylakoid / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / plastid / heterochromatin / pericentric heterochromatin / chloroplast / structural constituent of chromatin / nucleosome / peroxisome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H3.1 / Histone H4 / Probable histone H2A.7 / Histone H2B.1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Wang, Y. / Dong, A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930017 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural and functional interrelationships of histone H2A with its variants H2A.Z and H2A.W in Arabidopsis.
著者: Youchao Wang / Jiabing Wu / Shuoming Yang / Xiang Li / Jiachen Wang / Qinghe Lv / Xiaoyu Zhu / Guoliang Lu / Jinru Zhang / Wen-Hui Shen / Bing Liu / Jinzhong Lin / Aiwu Dong /
要旨: Multiple histone H2A variants are known in eukaryotes. However, the functional relationship between H2A and its variants in plants remains largely obscure. Using CRISPR-Cas9 editing, we generated a ...Multiple histone H2A variants are known in eukaryotes. However, the functional relationship between H2A and its variants in plants remains largely obscure. Using CRISPR-Cas9 editing, we generated a mutant lacking four H2A isoforms in Arabidopsis and analyzed the functional and structural relationships between H2A, H2A.Z, and H2A.W. RNA sequencing and phenotype analyses revealed mild changes in gene transcription and plant development in mutants lacking H2A, H2A.Z, or H2A.W compared with the wild-type plants. Chromatin immunoprecipitation sequencing analysis showed that H2A can substitute for both H2A.Z and H2A.W across the genome, including in euchromatin and heterochromatin regions. However, H2A.Z replaced both H2A and H2A.W primarily within the euchromatin regions. By using DNA and histones from Arabidopsis, we constructed nucleosomes containing H2A, H2A.Z, or H2A.W and resolved their cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures at near-atomic resolution. Collectively, the results reveal the structural similarity and functional redundancy of H2A and its variants in Arabidopsis.
履歴
登録2024年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.1
B: Histone H4
C: Probable histone H2A.7
D: Histone H2B.1
E: Histone H3.1
F: Histone H4
G: Probable histone H2A.7
H: Histone H2B.1
I: 15.2.2 DNA (147-MER)
J: 15.2.2 DNA (147-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,07510
ポリマ－209,07510
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Histone H3.1


分子量: 15300.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HTR2, At1g09200, T12M4.9, HTR3, At3g27360, K1G2.8, HTR13, At5g10390, F12B17_260, HTR9, At5g10400, F12B17_250, HTR1, At5g65360, MNA5.9
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59226
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11436.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g07660, F24B9.25, At1g07820, F24B9.8, At2g28740, F8N16.2, T11P11.4, At3g45930, F16L2_140, At3g46320, F18L15.40, At3g53730, F5K20_30, At5g59690, MTH12.10, At5g59970, MMN10.22
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59259
#3: タンパク質 Probable histone H2A.7 / HTA6


分子量: 15997.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g59870, MMN10.22, MMN10_90 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FJE8
#4: タンパク質 Histone H2B.1 / HTB1


分子量: 16439.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g07790, F24B9.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LQQ4

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15.2.2 DNA (147- ... , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 15.2.2 DNA (147-MER)


分子量: 45071.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: GenBank: 4678705
#6: DNA鎖 15.2.2 DNA (147-MER)


分子量: 45654.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: GenBank: 4584519

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
3EPU画像取得
13cryoSPARC4.3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119108 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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