PDB-9js6: cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9js6

タイトル

cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus

要素

Envelope protein E
Genome polyprotein
antibody heavy chain
antibody light chain

キーワード

VIRUS/IMMUNE SYSTEM / COMPLEX / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å

データ登録者

Shu, B. / Lok, S.

資金援助

シンガポール, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of mature zika virus complexed with antibody at 3 angstrom
著者: Shu, B. / Lok, S.

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月1日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月1日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月1日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月1日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月1日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9js6.cif.gz	82 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9js6.ent.gz	48.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9js6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9js6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9js6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9js6_validation.xml.gz	44.2 KB	表示
CIF形式データ	9js6_validation.cif.gz	62.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/9js6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/9js6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61767MC 61768C 9js7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (44) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#103 - 2008年7月
デングウイルス (Dengue Virus)
類似性 (43)
#197 - 2016年5月
ジカウイルス (Zika Virus)
類似性 (44)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Envelope protein E

D: Genome polyprotein

B: Envelope protein E

E: Genome polyprotein

C: Envelope protein E

F: Genome polyprotein

H: antibody heavy chain

L: antibody light chain

244 kDa, 8 ポリマー
Cα原子のみ: ADBECFHL
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope protein E

D: Genome polyprotein

B: Envelope protein E

E: Genome polyprotein

C: Envelope protein E

F: Genome polyprotein

H: antibody heavy chain

L: antibody light chain

x 60

complete icosahedral assembly
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
14.6 MDa, 480 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
icosahedral asymmetric unit

3

A: Envelope protein E

D: Genome polyprotein

B: Envelope protein E

E: Genome polyprotein

C: Envelope protein E

F: Genome polyprotein

H: antibody heavy chain

L: antibody light chain

x 5

icosahedral pentamer
1.22 MDa, 40 ポリマー

4

A: Envelope protein E

D: Genome polyprotein

B: Envelope protein E

E: Genome polyprotein

C: Envelope protein E

F: Genome polyprotein

H: antibody heavy chain

L: antibody light chain

x 6

icosahedral 23 hexamer
1.46 MDa, 48 ポリマー

5

登録構造と同一（異なる座標系）
icosahedral asymmetric unit, std point frame

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

#1: タンパク質	Envelope protein E / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 54330.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A024B7W1
#2: タンパク質	Genome polyprotein / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 18561.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: A0A024B7W1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#3: 抗体	antibody heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 13392.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	antibody light chain / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 11501.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013	COMPLEX	all	0	RECOMBINANT
2	Zika virus	VIRUS	#1-#2	1	NATURAL
3	antibody	COMPLEX	#3-#4	1	RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	2	Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)	2043570
3	3	Homo sapiens (ヒト)	9606

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

ウイルスについての詳細

中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION

緩衝液

pH: 8

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 30000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 3000 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12080 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	17423
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.665	23609
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	30.423	2399
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.042	2633
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	3004

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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