PDB-9jj2: Cryo-EM structure of human ZnT3 under acidic conditions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jj2

タイトル

Cryo-EM structure of human ZnT3 under acidic conditions

要素

Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / zinc transporter / ZnT / antiporter

機能・相同性

機能・相同性情報

zinc ion import into synaptic vesicle / positive regulation of transport / hippocampal mossy fiber / zinc ion import into lysosome / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / microvesicle / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / antiporter activity / response to zinc ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Ishida, H. / Yo, R. / Zhnag, Z. / Shimizu, T. / Ohto, U.

資金援助

日本, 1件

組織	認可番号	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	20K16274 and 22K07131 (H.I.); 22K15046 and 24K09349 (Z.Z.); 19H00976, 22H05184, and 23H00366 (T.S.); and 19H03164 and 22H02556 [U.O.)	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the zinc transporters, ZnT3 and ZnT4
著者: Ishida, H. / Yo, R. / Zhang, Z. / Shimizu, T. / Ohto, U.

履歴

登録	2024年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jj2.cif.gz	110.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jj2.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jj2_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jj2_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9jj2_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	9jj2_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/9jj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/9jj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61515MC 61514C 61516C 9jj1C 9jj3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3

B: Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3

87.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3 / Solute carrier family 30 member 3 / Zinc transporter 3 / ZnT-3 分子量: 43927.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC30A3, ZNT3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99726
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: ZnT3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 65 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 279000 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	4006
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.781	5461
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.898	550
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.043	661
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	670

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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