PDB-9jhb: Cryo-EM structure of RacrIC1-Cascade IC1-complex II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jhb

タイトル

Cryo-EM structure of RacrIC1-Cascade IC1-complex II

要素

CRISPR-associated protein, CT1133 family
CRISPR-associated protein, TM1801 family
RacrIC1 (124-MER)

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / complex / anti-CRISPR / Racr / cryo-EM / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements
類似検索 - 分子機能

生物種

Bifidobacterium pseudocatenulatum (バクテリア)

Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å

データ登録者

Wang, H. / Zhang, S. / Li, S. / Zhang, K. / Feng, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into inhibition of CRISPR-Cas by RNA anti-CRISPRs
著者: Wang, H. / Zhang, S. / Li, S. / Zhang, K. / Feng, Y.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jhb.cif.gz	688.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jhb.ent.gz	571.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jhb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/9jhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/9jhb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61477MC 61478C 61479C 9jhcC 9jhdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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類似性 (1)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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#106 - 2008年10月
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#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RacrIC1 (124-MER)

B: CRISPR-associated protein, CT1133 family

C: CRISPR-associated protein, TM1801 family

D: CRISPR-associated protein, TM1801 family

E: CRISPR-associated protein, CT1133 family

F: CRISPR-associated protein, CT1133 family

G: CRISPR-associated protein, CT1133 family

H: CRISPR-associated protein, CT1133 family

I: CRISPR-associated protein, CT1133 family

J: CRISPR-associated protein, CT1133 family

K: CRISPR-associated protein, TM1801 family

L: CRISPR-associated protein, TM1801 family

M: CRISPR-associated protein, TM1801 family

N: CRISPR-associated protein, TM1801 family

O: CRISPR-associated protein, TM1801 family

P: CRISPR-associated protein, TM1801 family

Q: CRISPR-associated protein, TM1801 family

R: CRISPR-associated protein, CT1133 family

441 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: RNA鎖	RacrIC1 (124-MER) 分子量: 39847.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium pseudocatenulatum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	CRISPR-associated protein, CT1133 family / Cas11c subunit of D. vulgaris type I-C Cascade 分子量: 13918.851 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 遺伝子: DVUA0131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72WF8
#3: タンパク質	CRISPR-associated protein, TM1801 family / Cas7c subunit of D. vulgaris type I-C Cascade 分子量: 32227.717 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 遺伝子: DVUA0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72WF7
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Cryo-EM structure of RacrIC1-Cascade IC1-complex II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.41 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 58 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
8	PHENIX		モデル精密化
12	cryoSPARC	4.5.1	分類
13	cryoSPARC	4.5.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1677991

3次元再構成

解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31837 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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