PDB-9jcj: Cryo-EM structure of asymmetric pannexin 3 heptamer in GDN class 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jcj

タイトル

Cryo-EM structure of asymmetric pannexin 3 heptamer in GDN class 1

要素

Pannexin-3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ATP channel / Calcium channel / heptamer

機能・相同性

機能・相同性情報

gap junction hemi-channel activity / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / gap junction / monoatomic cation transport / calcium channel activity / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Zhang, H. / Zhang, H.W. / Wang, D.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900046	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82302764	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81972085	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82172465	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of asymmetric pannexin 3 heptamer in GDN class 1
著者: Zhang, H. / Zhang, H.W. / Wang, D.

履歴

登録	2024年8月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jcj.cif.gz	522.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jcj.ent.gz	365.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jcj_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jcj_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9jcj_validation.xml.gz	80.2 KB	表示
CIF形式データ	9jcj_validation.cif.gz	120.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/9jcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/9jcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61368MC 8wza M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pannexin-3

B: Pannexin-3

C: Pannexin-3

D: Pannexin-3

E: Pannexin-3

F: Pannexin-3

G: Pannexin-3

313 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Pannexin-3 分子量: 44734.219 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANX3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QZ0
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Cryo-EM structure of asymmetric pannexin 3 heptamer in GDN class 1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.31 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293F

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM	2-Amino-2-hydroxymethyl-1,3-propanediol	Tris	1
2	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
3	0.02 %	Glyco-diosgenin	GDN	1

試料

濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 32

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102449 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.06 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0032	20692
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.8628	28077
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0419	3311
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0052	3416
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.7791	2702

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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