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- PDB-9j9e: Cryo-EM structure of the type VII CRISPR-Cas14 effector complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j9e
タイトルCryo-EM structure of the type VII CRISPR-Cas14 effector complex
要素
  • Cas14
  • Cas5
  • Cas7
  • crRNA
  • tgRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / beta-CASP / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Spirochaetota bacterium (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Hiraizumi, M. / Yamashita, K. / Nishimasu, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR23B6 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of type VII CRISPR-Cas14 effector complex
著者: Hiraizumi, M.
履歴
登録2024年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: crRNA
B: tgRNA
C: Cas5
D1: Cas7
D2: Cas7
D3: Cas7
D4: Cas7
D5: Cas7
D6: Cas7
D7: Cas7
D8: Cas7
E1: Cas14
E2: Cas14
E3: Cas14
E4: Cas14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,16228
ポリマ－538,31115
非ポリマー85013
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 crRNA


分子量: 19080.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 tgRNA


分子量: 31726.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 3種, 13分子 CD1D2D3D4D5D6D7D8E1E2E3E4

#3: タンパク質 Cas5


分子量: 27139.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaetota bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質
Cas7


分子量: 22255.604 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaetota bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質
Cas14


分子量: 70579.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaetota bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 1種, 13分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: The type VII CRISPR-Cas14 effector complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9Servalcatモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74619 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.97→2.97 Å / Num. reflection obs: 5430721 / Average fsc work: 0.725
原子変位パラメータBiso mean: 81.16 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
ELECTRON MICROSCOPYs_bond_nonh_d0.0097290730.0118
ELECTRON MICROSCOPYs_angle_nonh_deg1.7112395561.8469
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_1_deg7.219933165.0905
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_2_deg1.23079214.3811
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_3_deg10.5167739610
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_6_deg12.5347146510
ELECTRON MICROSCOPYs_chiral_restr0.127845350.1343
ELECTRON MICROSCOPYs_planes0.0043388410.02
ELECTRON MICROSCOPYs_nbd0.1474318370.2
ELECTRON MICROSCOPYs_nbtor0.1848479480.2
ELECTRON MICROSCOPYs_hbond_nbd0.1098800.2
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Refine-IDNum. reflection obsFsc work
2.9-2.919ELECTRON MICROSCOPY1037770.3597
2.919-2.94ELECTRON MICROSCOPY1164810.3834
2.94-2.962ELECTRON MICROSCOPY1136470.4021
2.962-2.984ELECTRON MICROSCOPY1131570.4207
2.984-3.007ELECTRON MICROSCOPY1107610.4446
3.007-3.03ELECTRON MICROSCOPY1104970.4641
3.03-3.053ELECTRON MICROSCOPY1069590.4849
3.053-3.076ELECTRON MICROSCOPY1062130.5044
3.076-3.1ELECTRON MICROSCOPY1053330.5215
3.1-3.125ELECTRON MICROSCOPY1027510.5362
3.125-3.149ELECTRON MICROSCOPY1010250.5517
3.149-3.174ELECTRON MICROSCOPY990370.5705
3.175-3.2ELECTRON MICROSCOPY991270.5985
3.2-3.226ELECTRON MICROSCOPY962850.6315
3.226-3.252ELECTRON MICROSCOPY951250.6577
3.252-3.279ELECTRON MICROSCOPY936210.6788
3.279-3.306ELECTRON MICROSCOPY922150.6975
3.306-3.334ELECTRON MICROSCOPY909010.7151
3.334-3.362ELECTRON MICROSCOPY883890.7285
3.362-3.39ELECTRON MICROSCOPY869470.7375
3.391-3.42ELECTRON MICROSCOPY864930.7388
3.42-3.449ELECTRON MICROSCOPY849250.7421
3.45-3.479ELECTRON MICROSCOPY824970.75
3.48-3.51ELECTRON MICROSCOPY820510.7619
3.51-3.541ELECTRON MICROSCOPY803290.7706
3.542-3.573ELECTRON MICROSCOPY789330.7743
3.573-3.605ELECTRON MICROSCOPY766990.779
3.605-3.638ELECTRON MICROSCOPY759570.7813
3.638-3.672ELECTRON MICROSCOPY753250.7863
3.672-3.706ELECTRON MICROSCOPY731550.797
3.706-3.741ELECTRON MICROSCOPY717970.8134
3.741-3.776ELECTRON MICROSCOPY702970.8295
3.776-3.812ELECTRON MICROSCOPY702690.8419
3.812-3.849ELECTRON MICROSCOPY669430.8486
3.849-3.887ELECTRON MICROSCOPY668610.8528
3.887-3.925ELECTRON MICROSCOPY654970.8552
3.925-3.964ELECTRON MICROSCOPY640950.8559
3.964-4.004ELECTRON MICROSCOPY629050.8566
4.004-4.044ELECTRON MICROSCOPY610450.8594
4.045-4.086ELECTRON MICROSCOPY611490.8654
4.086-4.128ELECTRON MICROSCOPY593830.8704
4.129-4.172ELECTRON MICROSCOPY579450.8743
4.172-4.216ELECTRON MICROSCOPY561610.8782
4.216-4.261ELECTRON MICROSCOPY553630.8821
4.261-4.307ELECTRON MICROSCOPY542730.8872
4.307-4.354ELECTRON MICROSCOPY531730.8942
4.354-4.402ELECTRON MICROSCOPY518850.898
4.402-4.451ELECTRON MICROSCOPY512950.896
4.451-4.501ELECTRON MICROSCOPY498450.8938
4.502-4.553ELECTRON MICROSCOPY486370.8911
4.553-4.606ELECTRON MICROSCOPY472390.8915
4.606-4.659ELECTRON MICROSCOPY465690.8928
4.66-4.715ELECTRON MICROSCOPY457690.895
4.715-4.771ELECTRON MICROSCOPY440670.8965
4.772-4.828ELECTRON MICROSCOPY432730.8946
4.829-4.888ELECTRON MICROSCOPY423330.8909
4.888-4.949ELECTRON MICROSCOPY415930.8861
4.949-5.011ELECTRON MICROSCOPY400150.8793
5.011-5.075ELECTRON MICROSCOPY391890.8724
5.075-5.14ELECTRON MICROSCOPY378610.8675
5.141-5.208ELECTRON MICROSCOPY374550.8652
5.208-5.276ELECTRON MICROSCOPY363730.863
5.277-5.347ELECTRON MICROSCOPY350130.8589
5.348-5.42ELECTRON MICROSCOPY348490.8549
5.421-5.495ELECTRON MICROSCOPY333430.8474
5.495-5.572ELECTRON MICROSCOPY328650.8403
5.572-5.651ELECTRON MICROSCOPY312850.8351
5.651-5.731ELECTRON MICROSCOPY306030.8278
5.733-5.816ELECTRON MICROSCOPY303130.8164
5.816-5.902ELECTRON MICROSCOPY287410.8015
5.902-5.99ELECTRON MICROSCOPY284550.7928
5.991-6.082ELECTRON MICROSCOPY271570.7916
6.083-6.176ELECTRON MICROSCOPY270450.7994
6.177-6.273ELECTRON MICROSCOPY257770.8029
6.276-6.374ELECTRON MICROSCOPY244350.7963
6.375-6.477ELECTRON MICROSCOPY242770.7866
6.478-6.584ELECTRON MICROSCOPY233170.7724
6.585-6.695ELECTRON MICROSCOPY228510.7683
6.696-6.809ELECTRON MICROSCOPY217450.7766
6.811-6.928ELECTRON MICROSCOPY210330.788
6.929-7.05ELECTRON MICROSCOPY207130.7909
7.052-7.178ELECTRON MICROSCOPY196470.7936
7.179-7.309ELECTRON MICROSCOPY188410.7957
7.31-7.444ELECTRON MICROSCOPY182170.8037
7.447-7.588ELECTRON MICROSCOPY177270.8118
7.589-7.735ELECTRON MICROSCOPY171250.8094
7.738-7.886ELECTRON MICROSCOPY161250.8062
7.889-8.047ELECTRON MICROSCOPY158710.8019
8.049-8.213ELECTRON MICROSCOPY152250.7993
8.215-8.386ELECTRON MICROSCOPY145330.7975
8.388-8.566ELECTRON MICROSCOPY137530.8024
8.568-8.752ELECTRON MICROSCOPY130590.8084
8.757-8.951ELECTRON MICROSCOPY129730.8079
8.956-9.157ELECTRON MICROSCOPY120210.8043
9.159-9.37ELECTRON MICROSCOPY117310.8102
9.375-9.598ELECTRON MICROSCOPY109810.8187
9.601-9.835ELECTRON MICROSCOPY107250.8162
9.838-10.084ELECTRON MICROSCOPY101170.8155
10.087-10.345ELECTRON MICROSCOPY93750.8169
10.349-10.617ELECTRON MICROSCOPY91330.8359
10.625-10.912ELECTRON MICROSCOPY85770.8563
10.916-11.219ELECTRON MICROSCOPY82270.8657
11.224-11.539ELECTRON MICROSCOPY75970.8695
11.549-11.889ELECTRON MICROSCOPY73770.8775
11.894-12.254ELECTRON MICROSCOPY69010.8858
12.26-12.643ELECTRON MICROSCOPY63030.8943
12.649-13.057ELECTRON MICROSCOPY60730.9017
13.064-13.492ELECTRON MICROSCOPY56130.904
13.507-13.972ELECTRON MICROSCOPY52750.9059
13.981-14.48ELECTRON MICROSCOPY49810.9051
14.49-15.015ELECTRON MICROSCOPY45330.9089
15.037-15.615ELECTRON MICROSCOPY43030.9117
15.627-16.251ELECTRON MICROSCOPY40170.911
16.265-16.942ELECTRON MICROSCOPY35650.9058
16.957-17.694ELECTRON MICROSCOPY33010.8949
17.711-18.495ELECTRON MICROSCOPY29910.8828
18.535-19.417ELECTRON MICROSCOPY28570.8772
19.44-20.411ELECTRON MICROSCOPY25170.8686
20.464-21.48ELECTRON MICROSCOPY21790.8471
21.543-22.738ELECTRON MICROSCOPY20850.8696
22.775-24.112ELECTRON MICROSCOPY18610.8831
24.157-25.663ELECTRON MICROSCOPY16690.8711
25.824-27.427ELECTRON MICROSCOPY13110.8724
27.492-29.37ELECTRON MICROSCOPY12490.8765
29.531-31.796ELECTRON MICROSCOPY10890.8947
32-34.546ELECTRON MICROSCOPY9070.9069
34.676-37.478ELECTRON MICROSCOPY7290.9172
37.986-41.764ELECTRON MICROSCOPY6250.9119
41.995-46.629ELECTRON MICROSCOPY5710.915
46.952-52.769ELECTRON MICROSCOPY3810.9199
53.238-60.755ELECTRON MICROSCOPY3010.907
61.474-70.428ELECTRON MICROSCOPY2250.9075
72.738-86.938ELECTRON MICROSCOPY1750.9137
89.085-110.496ELECTRON MICROSCOPY1050.9307
115.008-140.856ELECTRON MICROSCOPY490.946
162.646-398.4ELECTRON MICROSCOPY400.8545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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