PDB-9j12: Structure of the wild-type AZG2 in Arabidopsis thaliana in the ap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j12

タイトル

Structure of the wild-type AZG2 in Arabidopsis thaliana in the apo state at pH 5.5

要素

Adenine/guanine permease AZG2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Cytokinin transporter / AZG2 / plant hormone

機能・相同性

機能・相同性情報

guanine nucleotide transmembrane transport / adenine nucleotide transmembrane transporter activity / adenine nucleotide transport / guanine transport / purine nucleobase transmembrane transporter activity / purine nucleobase transport / adenine transport / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Sun, L. / Liu, X. / Wei, H. / Yang, Z. / Ying, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the wild-type AZG2 in Arabidopsis thaliana in the apo state at pH 5.5
著者: Sun, L. / Liu, X. / Wei, H. / Yang, Z. / Ying, W.

履歴

登録	2024年8月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月19日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j12.cif.gz	170.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j12.ent.gz	136.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61065MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenine/guanine permease AZG2

B: Adenine/guanine permease AZG2

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Adenine/guanine permease AZG2 / AzgA-homolog protein / Protein AZAGUANINE RESISTANT 2 / AtAzg2 分子量: 56322.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AZG2, At5g50300, K6A12.16 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293F / 参照: UniProt: Q84MA8
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: AZG2 dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 5.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30031 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	7593
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.743	10323
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.729	1061
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.043	1250
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	1270

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)