PDB-9j02: cryo-EM structure of apo hOAT1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j02

タイトル

cryo-EM structure of apo hOAT1

要素

Solute carrier family 22 member 6

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transporter / Organic Anion / uptake / renal pathophysiology

機能・相同性

機能・相同性情報

renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / Organic anion transport by SLC22 transporters / sodium-independent organic anion transport / : / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å

データ登録者

Yang, D.X. / Luo, Y.B.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32222040	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070049	中国
Other government	ZYYC21006
Other government	2022YFC2303700

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis for recognition of two different drugs by human OAT1
著者: Wu, X.N. / Luo, Y.B. / Feng, S.J.

履歴

登録	2024年8月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j02.cif.gz	105.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j02.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j02_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j02_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9j02_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	9j02_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/9j02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/9j02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61046MC 61048C 61050C 9j04C 9j06C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Solute carrier family 22 member 6

61.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Solute carrier family 22 member 6 / Organic anion transporter 1 / hOAT1 / PAH transporter / hPAHT / Renal organic anion transporter 1 / hROAT1 分子量: 61869.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC22A6, OAT1, PAHT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4U2R8
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Cryo-EM structure of hOAT1-apo / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2501 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 937 nm
撮影	電子線照射量: 64.5 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107629 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.36 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	3853
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.794	5245
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.924	528
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.044	613
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	659

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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