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万見
- PDB-9ivd: Cryo-EM structure of CyclinD1 bound AMBRA1-DDB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ivd
タイトルCryo-EM structure of CyclinD1 bound AMBRA1-DDB1
要素
  • Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
  • DNA damage-binding protein 1
  • G1/S-specific cyclin-D1
キーワードSIGNALING PROTEIN / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / cyclin D1-CDK4 complex / re-entry into mitotic cell cycle / cyclin D1-CDK6 complex / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / RUNX3 regulates WNT signaling / response to mitochondrial depolarisation / response to leptin / positive regulation of mitophagy / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation ...positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / cyclin D1-CDK4 complex / re-entry into mitotic cell cycle / cyclin D1-CDK6 complex / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / RUNX3 regulates WNT signaling / response to mitochondrial depolarisation / response to leptin / positive regulation of mitophagy / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / UV-damage excision repair / proline-rich region binding / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / neural tube development / biological process involved in interaction with symbiont / positive regulation of regulatory T cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / regulation of mitotic cell cycle phase transition / mammary gland epithelial cell proliferation / WD40-repeat domain binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / response to UV-A / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of epithelial cell differentiation / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Macroautophagy / PTK6 Regulates Cell Cycle / fat cell differentiation / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / viral release from host cell / Transcriptional Regulation by VENTX / RUNX3 regulates p14-ARF / protein phosphatase activator activity / axoneme / autophagosome assembly / mammary gland alveolus development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / bicellular tight junction / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ectopic germ cell programmed cell death / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of viral genome replication / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / proteasomal protein catabolic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response / mitophagy / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / phagocytic vesicle / positive regulation of autophagy / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / lactation / transcription repressor complex / positive regulation of gluconeogenesis / autophagosome / cellular response to starvation / liver regeneration / nucleotide-excision repair / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Wnt signaling pathway / RMTs methylate histone arginines / G1/S transition of mitotic cell cycle / histone deacetylase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / neuron differentiation / Dual incision in TC-NER / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription corepressor activity / Cyclin D associated events in G1 / cellular response to UV / rhythmic process / positive regulation of protein phosphorylation / site of double-strand break / Neddylation / GTPase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal ...: / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
G1/S-specific cyclin-D1 / DNA damage-binding protein 1 / Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Wang, Y. / Liu, M. / Su, M.-Y. / Stjepanovic, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government2024A1515011683 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of D-type cyclins recognition by the AMBRA1 E3 ligase receptor
著者: Wang, Y. / Liu, M. / Su, M.-Y. / Stjepanovic, G.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: G1/S-specific cyclin-D1
B: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
A: DNA damage-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,4413
ポリマ－205,4413
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 G1/S-specific cyclin-D1 / B-cell lymphoma 1 protein / BCL-1 / BCL-1 oncogene / PRAD1 oncogene


分子量: 33847.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCND1, BCL1, PRAD1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24385
#2: タンパク質 Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1 / DDB1- and CUL4-associated factor 3


分子量: 44496.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMBRA1, DCAF3, KIAA1736 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9C0C7
#3: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16531
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of AMBRA1-DDB1 bound to CyclinD1-CDK4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.244 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 1.198 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1015935 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048806
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63811999
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.5021237
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461424
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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