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- PDB-9iu7: Cryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iu7
タイトルCryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the intermediate-strand exchange state 2
要素
  • (attB-L) x 2
  • (attB-R) x 2
  • (attP-L) x 2
  • (attP-R) x 2
  • Integrase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / large serine recombinase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Recombinase / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / : / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / DNA / DNA (> 10) / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Soma, T. / Hiraizumi, M. / Yamashita, K. / Nishimasu, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJAX232F 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR23B6 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the intermediate-strand exchange state 2
著者: Soma, T.
履歴
登録2024年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
E1: attP-L
E2: attP-R
F1: attP-L
F2: attP-R
G1: attB-L
G2: attB-R
H1: attB-L
H2: attB-R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,19616
ポリマ－285,93512
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
DNA鎖 , 8種, 8分子 E1E2F1F2G1G2H1H2

#2: DNA鎖 attP-L


分子量: 8315.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: GenBank: 12657854
#3: DNA鎖 attP-R


分子量: 7667.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: GenBank: 12657854
#4: DNA鎖 attP-L


分子量: 7677.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: GenBank: 12657854
#5: DNA鎖 attP-R


分子量: 8292.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: GenBank: 12657854
#6: DNA鎖 attB-L


分子量: 7412.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: GenBank: LN831039.1
#7: DNA鎖 attB-R


分子量: 6704.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: GenBank: LN831039.1
#8: DNA鎖 attB-L


分子量: 6699.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: GenBank: LN831039.1
#9: DNA鎖 attB-R


分子量: 7404.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: GenBank: LN831039.1

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 ABCD

#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#1: タンパク質
Integrase


分子量: 56439.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
遺伝子: 35, PBI_BXB1_35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9B086

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1The large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the intermediate-strand exchange state 2COMPLEX#1-#2, #4, #3, #5-#6, #8, #7, #90MULTIPLE SOURCES
2large serine recombinaseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3attPCOMPLEX#2, #4, #3, #51SYNTHETIC
4attBCOMPLEX#6, #8, #7, #91SYNTHETIC
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)2902907
33Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)2902907
44Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)1772
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 49.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9Servalcatモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114830 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 4.08→4.08 Å / Num. reflection obs: 735340 / Average fsc work: 0.5223
原子変位パラメータBiso mean: 206.72 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
ELECTRON MICROSCOPYs_bond_nonh_d0.0064203060.0116
ELECTRON MICROSCOPYs_angle_nonh_deg1.6488283941.8347
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_1_deg3.3619402
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_2_deg1.55118804.3182
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_3_deg12.9779385610
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_6_deg13.065392010
ELECTRON MICROSCOPYs_chiral_restr0.062631040.126
ELECTRON MICROSCOPYs_planes0.0042265520.02
ELECTRON MICROSCOPYs_nbd0.1848235610.2
ELECTRON MICROSCOPYs_nbtor0.2057297900.2
ELECTRON MICROSCOPYs_hbond_nbd0.14215140.2
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Refine-IDNum. reflection obsFsc work
4-4.06ELECTRON MICROSCOPY317430.1953
4.061-4.119ELECTRON MICROSCOPY303130.2333
4.12-4.18ELECTRON MICROSCOPY287410.2736
4.181-4.243ELECTRON MICROSCOPY284550.323
4.244-4.308ELECTRON MICROSCOPY271570.371
4.309-4.375ELECTRON MICROSCOPY270450.4005
4.375-4.444ELECTRON MICROSCOPY257770.4359
4.445-4.515ELECTRON MICROSCOPY244350.4764
4.515-4.588ELECTRON MICROSCOPY242770.5076
4.589-4.664ELECTRON MICROSCOPY233170.5141
4.665-4.742ELECTRON MICROSCOPY228510.5166
4.743-4.823ELECTRON MICROSCOPY217450.5318
4.824-4.907ELECTRON MICROSCOPY210330.5568
4.908-4.994ELECTRON MICROSCOPY207130.5837
4.995-5.084ELECTRON MICROSCOPY196470.599
5.085-5.177ELECTRON MICROSCOPY188410.6085
5.178-5.273ELECTRON MICROSCOPY182170.6126
5.275-5.375ELECTRON MICROSCOPY177270.6081
5.375-5.479ELECTRON MICROSCOPY171250.6075
5.481-5.586ELECTRON MICROSCOPY161250.6253
5.588-5.7ELECTRON MICROSCOPY158710.6254
5.701-5.818ELECTRON MICROSCOPY152250.613
5.819-5.94ELECTRON MICROSCOPY145330.6151
5.941-6.068ELECTRON MICROSCOPY137530.6046
6.069-6.2ELECTRON MICROSCOPY130590.5701
6.203-6.34ELECTRON MICROSCOPY129730.5372
6.344-6.486ELECTRON MICROSCOPY120210.5404
6.488-6.637ELECTRON MICROSCOPY117310.5619
6.64-6.799ELECTRON MICROSCOPY109810.5873
6.8-6.966ELECTRON MICROSCOPY107250.596
6.968-7.143ELECTRON MICROSCOPY101170.6003
7.145-7.328ELECTRON MICROSCOPY93750.6094
7.33-7.521ELECTRON MICROSCOPY91330.6103
7.526-7.729ELECTRON MICROSCOPY85770.6299
7.732-7.947ELECTRON MICROSCOPY82270.6552
7.95-8.174ELECTRON MICROSCOPY75970.6754
8.181-8.421ELECTRON MICROSCOPY73770.6709
8.425-8.68ELECTRON MICROSCOPY69010.6631
8.684-8.955ELECTRON MICROSCOPY63030.671
8.96-9.249ELECTRON MICROSCOPY60730.6862
9.254-9.556ELECTRON MICROSCOPY56130.6781
9.567-9.897ELECTRON MICROSCOPY52750.6609
9.903-10.257ELECTRON MICROSCOPY49810.6793
10.264-10.636ELECTRON MICROSCOPY45330.7135
10.651-11.06ELECTRON MICROSCOPY43030.755
11.069-11.511ELECTRON MICROSCOPY40170.7712
11.521-12ELECTRON MICROSCOPY35650.7611
12.011-12.533ELECTRON MICROSCOPY33010.7582
12.545-13.101ELECTRON MICROSCOPY29910.7629
13.129-13.754ELECTRON MICROSCOPY28570.7945
13.77-14.458ELECTRON MICROSCOPY25170.7936
14.496-15.215ELECTRON MICROSCOPY21790.795
15.26-16.106ELECTRON MICROSCOPY20850.7959
16.132-17.08ELECTRON MICROSCOPY18610.8107
17.111-18.178ELECTRON MICROSCOPY16690.8324
18.292-19.427ELECTRON MICROSCOPY13110.8199
19.474-20.804ELECTRON MICROSCOPY12490.7796
20.918-22.522ELECTRON MICROSCOPY10890.7822
22.667-24.47ELECTRON MICROSCOPY9070.8044
24.562-26.547ELECTRON MICROSCOPY7290.8234
26.907-29.583ELECTRON MICROSCOPY6250.8464
29.746-33.029ELECTRON MICROSCOPY5710.8915
33.258-37.378ELECTRON MICROSCOPY3810.9148
37.711-43.035ELECTRON MICROSCOPY3010.9253
43.544-49.886ELECTRON MICROSCOPY2250.9144
51.522-61.581ELECTRON MICROSCOPY1750.9073
63.102-78.268ELECTRON MICROSCOPY1050.919
81.464-99.773ELECTRON MICROSCOPY490.8545
115.208-282.2ELECTRON MICROSCOPY400.8056

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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