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- PDB-9is6: CryoEM structure of Plant-Complex-C-5b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9is6
タイトルCryoEM structure of Plant-Complex-C-5b
要素(COP9 signalosome complex subunit ...) x 8
キーワードPLANT PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of photomorphogenesis / regulation of L-ascorbic acid biosynthetic process / response to absence of light / COP9 signalosome assembly / red, far-red light phototransduction / response to jasmonic acid / protein deneddylation / response to auxin / embryo development ending in seed dormancy / COP9 signalosome ...negative regulation of photomorphogenesis / regulation of L-ascorbic acid biosynthetic process / response to absence of light / COP9 signalosome assembly / red, far-red light phototransduction / response to jasmonic acid / protein deneddylation / response to auxin / embryo development ending in seed dormancy / COP9 signalosome / hyperosmotic response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / response to light stimulus / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / response to salt stress / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / positive regulation of protein catabolic process / protein-containing complex assembly / protein-containing complex / proteolysis / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome, subunit CSN8 / : / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : ...COP9 signalosome, subunit CSN8 / : / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / PCI/PINT associated module / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 6b / COP9 signalosome complex subunit 2 / COP9 signalosome complex subunit 3 / COP9 signalosome complex subunit 7 / COP9 signalosome complex subunit 5b
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Wang, J.Z. / Zhao, J. / Li, X.H. / Xu, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271253 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Plant protein complex CC5b
著者: Wang, J.Z. / Zhao, J. / Li, X.H. / Xu, B.
履歴
登録2024年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 signalosome complex subunit 1
H: COP9 signalosome complex subunit 8
G: COP9 signalosome complex subunit 7
F: COP9 signalosome complex subunit 6b
E: COP9 signalosome complex subunit 5b
C: COP9 signalosome complex subunit 3
D: COP9 signalosome complex subunit 4
B: COP9 signalosome complex subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,6629
ポリマ－322,5968
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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COP9 signalosome complex subunit ... , 8種, 8分子 AHGFECDB

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 1 / CSN complex subunit 1 / Constitutive photomorphogenesis protein 11 / Protein FUSCA 6


分子量: 50650.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSN1, COP11, FUS6, At3g61140, T20K12.40 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P45432
#2: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 8 / CSN complex subunit 8 / Constitutive photomorphogenesis protein 9 / Protein FUSCA 7


分子量: 22573.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSN8, COP9, FUS7, At4g14110, dl3095c / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P43255
#3: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 7 / CSN complex subunit 7 / Protein FUSCA 5


分子量: 29508.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSN7, FUS5, At1g02090, T7I23.24, T7I23.25 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q94JU3
#4: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 6b / AtCSN6b / Signalosome subunit 6b


分子量: 35446.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSN6B, At4g26430, M3E9.140 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8W1P0
#5: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 5b / Signalosome subunit 5b / Jun activation domain-binding homolog 2


分子量: 40361.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSN5B, AJH2, CSN5A, At1g71230, F3I17.12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9FVU9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#6: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 3 / Signalosome subunit 3 / Protein FUSCA 11


分子量: 47792.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSN3, FUS11, At5g14250, F18O22.40 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8W575
#7: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 4 / AtS4 / Signalosome subunit 4 / Constitutive photomorphogenesis protein 8 / Protein FUSCA 4


分子量: 45007.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSN4, COP8, FUS4, At5g42970, MBD2.17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8L5U0
#8: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 2 / Signalosome subunit 2 / Protein FUSCA 12


分子量: 51254.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSN2, FUS12, At2g26990, T20P8.4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8W207

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非ポリマー , 1種, 1分子

#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of plant c5b / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69921 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00215159
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50620557
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1862125
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0362389
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032657

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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