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万見
- PDB-9iru: Cryo-em structure of TCR-4B1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iru
タイトルCryo-em structure of TCR-4B1 complex
要素
  • (T-cell surface glycoprotein CD3 ...) x 4
  • 4B1-H
  • 4B1-L
  • CD3-a
  • TCR-b
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / negative thymic T cell selection ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of protein localization to cell surface / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / smoothened signaling pathway / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / establishment or maintenance of cell polarity / dendrite development / protein complex oligomerization / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell receptor binding / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-2 production / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein tyrosine kinase binding / cerebellum development / T cell activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / negative regulation of smoothened signaling pathway / apoptotic signaling pathway / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / transmembrane signaling receptor activity / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor complex adaptor activity / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / dendritic spine / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. ...T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Li, X. / Zhu, Y. / Huang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-em structure of TCR-4B1 complex
著者: Li, X. / Zhu, Y. / Huang, Z.
履歴
登録2024年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4B1-L
B: 4B1-H
a: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
b: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
d: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
e: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
f: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
g: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
m: CD3-a
n: TCR-b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,05912
ポリマ－242,28610
非ポリマー7732
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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T-cell surface glycoprotein CD3 ... , 4種, 6分子 abdefg

#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / CD3-z / T-cell receptor T3 zeta chain


分子量: 18810.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD247, CD3Z, T3Z, TCRZ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20963
#4: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / CD3-d / T-cell receptor T3 delta chain


分子量: 18949.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3D, T3D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04234
#5: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3-e / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 23174.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3E, T3E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07766
#6: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / CD3-g / T-cell receptor T3 gamma chain


分子量: 20493.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3G, T3G / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09693

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抗体 , 3種, 3分子 ABm

#1: 抗体 4B1-L


分子量: 26651.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 4B1-H


分子量: 26844.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 CD3-a


分子量: 30763.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 n

#8: タンパク質 TCR-b


分子量: 34614.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#9: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TCR-4B1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 439348 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00711955
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0216231
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2721630
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0911821
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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