[日本語] English
万見
- PDB-9ikm: Cryo-EM structure of TLP-4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ikm
タイトルCryo-EM structure of TLP-4
要素TLP-4
キーワードPROTEIN FIBRIL / Fibril
生物種algae metagenome (メタゲノム)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yan, N. / Yan, C. / Li, Z. / Wang, T.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32330052 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32341016 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171204 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: CryoSeek II: Cryo-EM analysis of glycofibrils from freshwater reveals well-structured glycans coating linear tetrapeptide repeats.
著者: Tongtong Wang / Wenze Huang / Kui Xu / Yitong Sun / Qiangfeng Cliff Zhang / Chuangye Yan / Zhangqiang Li / Nieng Yan /
要旨: Despite the recent breakthrough in structure determination and prediction of proteins, the structural investigation of carbohydrates remains a challenge. Here, we report the cryo-EM analysis of a ...Despite the recent breakthrough in structure determination and prediction of proteins, the structural investigation of carbohydrates remains a challenge. Here, we report the cryo-EM analysis of a glycofibril found in the freshwater in the Tsinghua Lotus Pond. The fibril, which we name TLP-4, is made of a linear chain of tetrapeptide repeats coated with >4 nm thick glycans. In each repeat, two glycans are O-linked to a 3,4-dihydroxyproline and another glycan attaches to the adjacent Ser or Thr. The fibril structure is entirely maintained through glycan packing. Bioinformatic analysis confirms the conservation of the TLP-4 repeats across species, suggesting the existence of a large number of glycofibrils to be discovered. Our findings not only provide valuable insights into the structural roles of glycans in bio-assemblies but also demonstrate the potential of our recently formulated research strategy of CryoSeek to find bioentities and establish prototypes for structural studies of carbohydrates.
履歴
登録2024年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年8月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_admin / em_helical_entity
Item: _em_admin.last_update / _em_helical_entity.angular_rotation_per_subunit
改定 2.02025年8月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data collection / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_helical_entity / Data content type: EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _em_helical_entity.angular_rotation_per_subunit
改定 1.32025年9月3日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / em_admin / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _em_admin.last_update
改定 3.02025年9月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Experimental summary / Structure summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TLP-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,73055
ポリマ－7,0091
非ポリマー136,72154
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 TLP-4


分子量: 7008.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) algae metagenome (メタゲノム)
#2: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L-arabinofuranose-(1-3)-alpha-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 972.845 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-2DGalpb1-2LArafb1-2[LArafa1-2LArafb1-3]LArafb1-3LArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a211h-1a_1-4][a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-5]/1-2-2-3-1-2-1/a3-b1_b2-c1_b3-f1_c2-d1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(3+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Araf]{}}}[(3+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-L-Araf]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-L- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-4)][alpha-L-arabinofuranose-(1-6)]beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-2)][alpha-L-arabinofuranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)][beta-L-arabinofuranose-(1-2)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 4280.733 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-3LArafa1-3DManpa1-2[LArafa1-2LArafa1-4][LArafa1-6]DGalpb1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DManpa1-4[LArafa1-4DManpa1-3[LArafa1-3[LArafa1-6]DManpb1-6]DManpb1-4[LArafa1-2][LArafa1-6]DManpb1-6][LArafb1-2]DManpa1-6[LArafa1-3]DGalpNAcb1-4[LArafa1-3LArafb1-2]DManpb1-4DManpb1-2[LArafa1-5]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,29,28/[a211h-1b_1-4][a1122h-1b_1-5][a211h-1a_1-4][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-2-1-3-4-3-5-1-5-5-6-5-3-3-3-3-3-5-2-3-2-5-3-2-3-3-3-3/a2-b1_a5-C1_b4-c1_c2-d1_c4-f1_d3-e1_f3-g1_f6-h1_h2-i1_h4-j1_h6-t1_j4-k1_k3-l1_k6-s1_l2-m1_l4-p1_l6-r1_m3-n1_n3-o1_p2-q1_t2-u1_t4-v1_t6-B1_v3-w1_v6-y1_w4-x1_y3-z1_y6-A1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-L-Araf]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-L-Araf]{}[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}}}[(4+1)][a-L-Araf]{[(2+1)][a-L-Araf]{}}[(6+1)][a-L-Araf]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-L-Araf]{}[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][a-L-Araf]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-L-Araf]{}[(6+1)][a-L-Araf]{}}}[(6+1)][a-L-Araf]{}}}}}}[(5+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[beta-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]alpha-L-arabinofuranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-2)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-2)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2342.034 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-2LArafa1-3LArafa1-2DManpa1-2[LArafb1-2LArafa1-3LArafa1-3]LArafa1-4[DManpa1-2DManpa1-2LArafa1-2]DGlcpb1-4[DManpa1-2]DManpb1-4[LArafa1-2]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,16,15/[a2112h-1b_1-5][a211h-1a_1-4][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5][a211h-1b_1-4]/1-2-3-4-5-2-4-4-2-4-2-2-2-2-2-6/a2-b1_a4-c1_c2-d1_c4-e1_e2-f1_e4-i1_f2-g1_g2-h1_i2-j1_i3-n1_j2-k1_k3-l1_l2-m1_n3-o1_o2-p1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(2+1)][a-L-Araf]{}[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}[(4+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][a-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(4+1)][a-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{[(2+1)][a-L-Araf]{}}}}[(3+1)][a-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: TLP-4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: algae metagenome (メタゲノム)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -134.79 ° / 軸方向距離/サブユニット: 12.41 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27189 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049772
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.17813260
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.2885470
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0623348
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00188

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る