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万見
- PDB-9i2f: Cryo-EM structure of retron Eco2 (Ec67) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i2f
タイトルCryo-EM structure of retron Eco2 (Ec67)
要素
  • RNA (132-MER)
  • Retron Ec67 protein
  • msDNA (67-MER)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Retron / Reverse transcriptase / DNA / RNA / TOPRIM / RNaseH / msDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / : / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Retron Ec67 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli NCTC 86 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jasnauskaite, M. / Miksys, A. / Skorupskaite, A. / Malinauskaite, L. / Pausch, P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)5342-2023European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2026
タイトル: Structure and mechanism of antiphage retron Eco2.
著者: M Jasnauskaitė / J Juozapaitis / T Liegutė / R Grigaitis / A Skorupskaitė / W Steinchen / A Mikšys / L Truncaitė / K Kazlauskaitė / M F Torres Jiménez / S Khochare / G Dudas / G Bange ...著者: M Jasnauskaitė / J Juozapaitis / T Liegutė / R Grigaitis / A Skorupskaitė / W Steinchen / A Mikšys / L Truncaitė / K Kazlauskaitė / M F Torres Jiménez / S Khochare / G Dudas / G Bange / L Malinauskaitė / I Songailienė / P Pausch /
要旨: Retrons are prokaryotic reverse transcriptase systems that produce multicopy single-stranded DNA (msDNA), yet the principles by which they mediate antiviral defense remain largely unresolved. Here we ...Retrons are prokaryotic reverse transcriptase systems that produce multicopy single-stranded DNA (msDNA), yet the principles by which they mediate antiviral defense remain largely unresolved. Here we investigate the mechanism of Escherichia coli Eco2, a minimal retron composed of a single reverse transcriptase-nuclease fusion protein. Cryogenic electron microscopy and hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry reveal the structures and dynamics of a trimeric nucleoprotein complex assembled within a branched msDNA scaffold, which cages the TOPRIM nucleases. We show that the phage-encoded endonuclease DenB initiates msDNA degradation, thereby unblocking the nuclease active sites. Activated Eco2 cuts transfer RNAs, resulting in translational shutdown for antiphage defense. We further identify ribosomal protein S1 as a putative RNA chaperone that associates with the msDNA precursor. These findings provide insights into the molecular mechanisms of minimal retrons and establish a structural basis for engineering of Eco2.
履歴
登録2025年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: msDNA (67-MER)
I: msDNA (67-MER)
C: Retron Ec67 protein
A: Retron Ec67 protein
B: Retron Ec67 protein
E: RNA (132-MER)
H: msDNA (67-MER)
D: RNA (132-MER)
F: RNA (132-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,8829
ポリマ－394,8829
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: DNA鎖 msDNA (67-MER)


分子量: 20522.113 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli NCTC 86 (大腸菌) / 株: 23 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
#2: タンパク質 Retron Ec67 protein / ORF4-Ec67 RT


分子量: 68511.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli NCTC 86 (大腸菌) / 株: 23 / 遺伝子: ret, Ga0175966_113075, RG66_23265 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
参照: UniProt: P21325, RNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H
#3: RNA鎖 RNA (132-MER)


分子量: 42593.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli NCTC 86 (大腸菌) / 株: 23 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of retron Eco2 (Ec67) with RNA and DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli NCTC 86 (大腸菌) / 株: 23
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1100 mMTris-HCl1
2150 mMNaCl1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 20 mA current / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 46.33 sec. / 電子線照射量: 30.31 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1988
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
3EPU3.2画像取得
5cryoSPARC4.3CTF補正
13cryoSPARC4.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 544986
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 504525 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDSource nameタイプ
11AlphaFoldin silico model
21
精密化最高解像度: 2.8 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00320689
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54329108
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.1795480
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0383405
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052709

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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