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万見
- PDB-9hui: CryoEM structure of human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hui
タイトルCryoEM structure of human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with heparin oligomer (20 subunits).
要素Protein-arginine deiminase type-4
キーワードHYDROLASE / PAD4 / citrullination / calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification ...histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification / protein modification process / nucleosome assembly / chromatin organization / chromatin remodeling / innate immune response / calcium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-arginine deiminase type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Bereta, G. / Bielecka, E. / Biela, A. / Wilk, P. / Wator-Wilk, E. / Grudnik, P. / Kantyka, T.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2019/34/H/NZ1/00674 ポーランド
Polish National Science Centre2018/30/M/NZ1/00367 ポーランド
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Glycosaminoglycans activate peptidylarginine deiminase 4 by enhancing calcium affinity.
著者: Grzegorz P Bereta / Ewa Bielecka / Karolina Marzec / Łukasz Pijanowski / Artur P Biela / Piotr Wilk / Marta Kamińska / Jakub Nowak / Elżbieta Wątor-Wilk / Przemysław Grudnik / Dominik ...著者: Grzegorz P Bereta / Ewa Bielecka / Karolina Marzec / Łukasz Pijanowski / Artur P Biela / Piotr Wilk / Marta Kamińska / Jakub Nowak / Elżbieta Wątor-Wilk / Przemysław Grudnik / Dominik Kowalczyk / Joanna Kozieł / Piotr Mydel / Marcin Poręba / Tomasz Kantyka /
要旨: Rheumatoid arthritis is a chronic inflammatory disease driven by abnormal protein modifications. These include citrullination of arginine residues by the calcium-activated enzyme peptidylarginine ...Rheumatoid arthritis is a chronic inflammatory disease driven by abnormal protein modifications. These include citrullination of arginine residues by the calcium-activated enzyme peptidylarginine deiminase 4 (PAD4). However, calcium in body fluids may not fully activate PAD4, suggesting the potential involvement of other activators. In this study, we investigated the ability of glycosaminoglycans (a class of negatively charged polysaccharides) to modulate PAD4 activity. We found that model glycosaminoglycans bind to the enzyme with a nanomolar affinity, increase its calcium sensitivity, and require enzyme dimerization for activation. These effects depend on the size and negative charge of the glycosaminoglycan, and its various natural forms activate PAD4. Thus, our findings elucidate a mechanism by which common physiological compounds modulate PAD4 activity, potentially contributing to disease etiology.
履歴
登録2024年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine deiminase type-4
B: Protein-arginine deiminase type-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,7462
ポリマ－151,7462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-4 / HL-60 PAD / Peptidylarginine deiminase IV / Protein-arginine deiminase type IV


分子量: 75872.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI4, PAD4, PADI5, PDI5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UM07, protein-arginine deiminase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with heparin oligomer (20 subunits).
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 9.3
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMglycine1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 217170
詳細: auto-picked particles using blob picker from 1000 micrographs
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 209466 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.73 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0179100
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.30212353
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.8371182
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0531406
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.011581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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