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- PDB-9hgt: Amyloid fibril from the antimicrobial peptide citropin 1-3 - Poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hgt
タイトルAmyloid fibril from the antimicrobial peptide citropin 1-3 - Polymorph Nr.1L
要素Citropin-1.3
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Amyloid Helical
機能・相同性Aurein antibiotic peptide family / Aurein-like antibiotic peptide / defense response to bacterium / extracellular region / Citropin-1.3
機能・相同性情報
生物種Ranoidea citropa (カエル)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Strati, F. / Landau, M. / Siavash, M. / Cali, P.M. / Monistrol, J. / Golubev, A. / Gustavsson, E. / Bloch, Y.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101087140European Union
Other private
引用ジャーナル: Adv Sci (Weinh) / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Versatility of the Amyloidogenic Non-Amidated Variant of the Antimicrobial Peptide Citropin 1.3.
著者: Fabio Strati / Mariana Pigozzi Cali / Yehudi Bloch / Siavash Mostafavi / Jim Monistrol / Aleksandr Golubev / Bader Rayan / Emil Gustavsson / Meytal Landau /
要旨: Citropin 1.3 is an antimicrobial peptide secreted by the amphibian Litoria citropa (Southern bell frog). In this study, the structural and functional properties of its non-amidated form, which self- ...Citropin 1.3 is an antimicrobial peptide secreted by the amphibian Litoria citropa (Southern bell frog). In this study, the structural and functional properties of its non-amidated form, which self-assembles into distinct fibrillar architectures, are investigated. Using cryogenic electron microscopy, X-ray crystallography, and fluorescence microscopy with model membranes and cells, diverse supramolecular structures, including canonical amyloid fibrils, multilayered nanotubes, and a novel mixed fibril type, are identified. In giant unilamellar vesicles, citropin 1.3 promoted membrane fusion and underwent lipid-induced phase separation. In mammalian cells, it permeabilized membranes, induced cell death, and colocalized with nucleic acids. These findings link antimicrobial activity to amyloid assembly and highlight the peptide's structural plasticity and potential biological functions, offering new insights into amyloid-based antimicrobial mechanisms.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citropin-1.3
B: Citropin-1.3
C: Citropin-1.3
D: Citropin-1.3
E: Citropin-1.3
F: Citropin-1.3
G: Citropin-1.3
H: Citropin-1.3
I: Citropin-1.3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6889
ポリマ－14,6889
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Citropin-1.3


分子量: 1631.998 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ranoidea citropa (カエル) / 参照: UniProt: P81846
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Amyloid fibril from the antimicrobial peptide citropin 1-3 - Polymorph Nr.1L
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.16 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ranoidea citropa (カエル)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 2.58 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.78 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 226524 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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