[日本語] English
万見
- PDB-9hbb: Recombinant tau PHF filaments (peptide synthesis 291-391) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hbb
タイトルRecombinant tau PHF filaments (peptide synthesis 291-391)
要素Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid / neurodegeneration / PHF / tau
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of microtubule-based movement / regulation of chromosome organization / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / glial cell projection / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / supramolecular fiber organization / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of microtubule polymerization / cytoplasmic microtubule organization / synapse assembly / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / astrocyte activation / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / enzyme inhibitor activity / stress granule assembly / protein phosphatase 2A binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to reactive oxygen species / microglial cell activation / Hsp90 protein binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein homooligomerization / synapse organization / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / regulation of autophagy / SH3 domain binding / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / neuron projection development / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / actin binding / growth cone / cell body / double-stranded DNA binding / microtubule binding / protein-macromolecule adaptor activity / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / dendritic spine / microtubule / learning or memory / neuron projection / membrane raft / negative regulation of gene expression / axon / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lovestam, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA) 米国
引用
ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Post-Translational Modifications Control Phase Transitions of Tau.
著者: Wyatt C Powell / McKinley Nahum / Karl Pankratz / Morgane Herlory / James Greenwood / Darya Poliyenko / Patrick Holland / Ruiheng Jing / Luke Biggerstaff / Michael H B Stowell / Maciej A Walczak /
要旨: The self-assembly of Tau(297-391) into filaments, which mirror the structures observed in Alzheimer's disease (AD) brains, raises questions about the role of AD-specific post-translational ...The self-assembly of Tau(297-391) into filaments, which mirror the structures observed in Alzheimer's disease (AD) brains, raises questions about the role of AD-specific post-translational modifications (PTMs) in the formation of paired helical filaments (PHFs). To investigate this, we developed a synthetic approach to produce Tau(291-391) featuring N-acetyllysine, phosphoserine, phosphotyrosine, and N-glycosylation at positions commonly modified in post-mortem AD brains, thus facilitating the study of their roles in Tau pathology. Using transmission electron microscopy (TEM), cryo-electron microscopy (cryo-EM), and a range of optical microscopy techniques, we discovered that these modifications generally hinder the assembly of Tau into PHFs. Interestingly, while acetylation's effect on Tau assembly displayed variability, either promoting or inhibiting phase transitions in the context of cofactor free aggregation, heparin-induced aggregation, and RNA-mediated liquid-liquid phase separation (LLPS), phosphorylation uniformly mitigated these processes. Our observations suggest that PTMs, particularly those situated outside the fibril's rigid core are pivotal in the nucleation of PHFs. Moreover, in scenarios involving heparin-induced aggregation leading to the formation of heterogeneous aggregates, most AD-specific PTMs, except for K311, appeared to decelerate the aggregation process. The impact of acetylation on RNA-induced LLPS was notably site-dependent, exhibiting both facilitative and inhibitory effects, whereas phosphorylation consistently reduced LLPS across all proteoforms examined. These insights underscore the complex interplay between site-specific PTMs and environmental factors in modulating Tau aggregation kinetics, enhancing our understanding of the molecular underpinnings of Tau pathology in AD and highlighting the critical role of PTMs located outside the ordered filament core in driving the self-assembly of Tau into PHF structures.
#1: ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2024
タイトル: Post-Translational Modifications Control Phase Transitions of Tau
著者: Powell, W. / Nahum, M. / Pankratz, K. / Herlory, M. / Greenwood, J. / Holland, P. / Jing, R. / Biggerstaff, L. / Walczak, M. / Stowell, M. / Poliyenko, D.
履歴
登録2024年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
B: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
C: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
D: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
E: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
F: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7606
ポリマ－64,7606
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質
Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 10793.257 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Tau protein filament using synthesised 291-391 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.38 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12888 / 対称性のタイプ: HELICAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る