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- PDB-9has: pT=3 virus-like particle of ssRNA phage ESO003 coat protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9has
タイトルpT=3 virus-like particle of ssRNA phage ESO003 coat protein
要素coat protein of ssRNA phage ESO003
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / ssRNA phage / coat protein
生物種Leviviridae sp. (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kalnins, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: pT=3 virus like particle of ssRNA phage ESO003
著者: Kalnins, G.
履歴
登録2024年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
AA: coat protein of ssRNA phage ESO003
AB: coat protein of ssRNA phage ESO003
AC: coat protein of ssRNA phage ESO003
AD: coat protein of ssRNA phage ESO003
AE: coat protein of ssRNA phage ESO003
AF: coat protein of ssRNA phage ESO003
AG: coat protein of ssRNA phage ESO003
AH: coat protein of ssRNA phage ESO003
AI: coat protein of ssRNA phage ESO003
AJ: coat protein of ssRNA phage ESO003
AK: coat protein of ssRNA phage ESO003
AL: coat protein of ssRNA phage ESO003
AM: coat protein of ssRNA phage ESO003
AN: coat protein of ssRNA phage ESO003
AO: coat protein of ssRNA phage ESO003
AP: coat protein of ssRNA phage ESO003
AQ: coat protein of ssRNA phage ESO003
AR: coat protein of ssRNA phage ESO003
AS: coat protein of ssRNA phage ESO003
AT: coat protein of ssRNA phage ESO003
AU: coat protein of ssRNA phage ESO003
AV: coat protein of ssRNA phage ESO003
AW: coat protein of ssRNA phage ESO003
AX: coat protein of ssRNA phage ESO003
AY: coat protein of ssRNA phage ESO003
AZ: coat protein of ssRNA phage ESO003
BA: coat protein of ssRNA phage ESO003
BB: coat protein of ssRNA phage ESO003
BC: coat protein of ssRNA phage ESO003
BD: coat protein of ssRNA phage ESO003
BE: coat protein of ssRNA phage ESO003
BF: coat protein of ssRNA phage ESO003
BG: coat protein of ssRNA phage ESO003
BH: coat protein of ssRNA phage ESO003
BI: coat protein of ssRNA phage ESO003
BJ: coat protein of ssRNA phage ESO003
BK: coat protein of ssRNA phage ESO003
BL: coat protein of ssRNA phage ESO003
BM: coat protein of ssRNA phage ESO003
BN: coat protein of ssRNA phage ESO003
BO: coat protein of ssRNA phage ESO003
BP: coat protein of ssRNA phage ESO003
BQ: coat protein of ssRNA phage ESO003
BR: coat protein of ssRNA phage ESO003
BS: coat protein of ssRNA phage ESO003
BT: coat protein of ssRNA phage ESO003
BU: coat protein of ssRNA phage ESO003
BV: coat protein of ssRNA phage ESO003
BW: coat protein of ssRNA phage ESO003
BX: coat protein of ssRNA phage ESO003
BY: coat protein of ssRNA phage ESO003
BZ: coat protein of ssRNA phage ESO003
CA: coat protein of ssRNA phage ESO003
CB: coat protein of ssRNA phage ESO003
CC: coat protein of ssRNA phage ESO003
CD: coat protein of ssRNA phage ESO003
CE: coat protein of ssRNA phage ESO003
CF: coat protein of ssRNA phage ESO003
CG: coat protein of ssRNA phage ESO003
CH: coat protein of ssRNA phage ESO003
CI: coat protein of ssRNA phage ESO003
CJ: coat protein of ssRNA phage ESO003
CK: coat protein of ssRNA phage ESO003
CL: coat protein of ssRNA phage ESO003
CM: coat protein of ssRNA phage ESO003
CN: coat protein of ssRNA phage ESO003
CO: coat protein of ssRNA phage ESO003
CP: coat protein of ssRNA phage ESO003
CQ: coat protein of ssRNA phage ESO003
CR: coat protein of ssRNA phage ESO003
CS: coat protein of ssRNA phage ESO003
CT: coat protein of ssRNA phage ESO003
CU: coat protein of ssRNA phage ESO003
CV: coat protein of ssRNA phage ESO003
CW: coat protein of ssRNA phage ESO003
CX: coat protein of ssRNA phage ESO003
CY: coat protein of ssRNA phage ESO003
CZ: coat protein of ssRNA phage ESO003
DA: coat protein of ssRNA phage ESO003
DB: coat protein of ssRNA phage ESO003
DC: coat protein of ssRNA phage ESO003
DD: coat protein of ssRNA phage ESO003
DE: coat protein of ssRNA phage ESO003
DF: coat protein of ssRNA phage ESO003
DG: coat protein of ssRNA phage ESO003
DH: coat protein of ssRNA phage ESO003
DI: coat protein of ssRNA phage ESO003
DJ: coat protein of ssRNA phage ESO003
DK: coat protein of ssRNA phage ESO003
DL: coat protein of ssRNA phage ESO003
DM: coat protein of ssRNA phage ESO003
DN: coat protein of ssRNA phage ESO003
DO: coat protein of ssRNA phage ESO003
DP: coat protein of ssRNA phage ESO003
DQ: coat protein of ssRNA phage ESO003
DR: coat protein of ssRNA phage ESO003
DS: coat protein of ssRNA phage ESO003
DT: coat protein of ssRNA phage ESO003
DU: coat protein of ssRNA phage ESO003
DV: coat protein of ssRNA phage ESO003
DW: coat protein of ssRNA phage ESO003
DX: coat protein of ssRNA phage ESO003
DY: coat protein of ssRNA phage ESO003
DZ: coat protein of ssRNA phage ESO003
EA: coat protein of ssRNA phage ESO003
EB: coat protein of ssRNA phage ESO003
EC: coat protein of ssRNA phage ESO003
ED: coat protein of ssRNA phage ESO003
EE: coat protein of ssRNA phage ESO003
EF: coat protein of ssRNA phage ESO003
EG: coat protein of ssRNA phage ESO003
EH: coat protein of ssRNA phage ESO003
EI: coat protein of ssRNA phage ESO003
EJ: coat protein of ssRNA phage ESO003
EK: coat protein of ssRNA phage ESO003
EL: coat protein of ssRNA phage ESO003
EM: coat protein of ssRNA phage ESO003
EN: coat protein of ssRNA phage ESO003
EO: coat protein of ssRNA phage ESO003
EP: coat protein of ssRNA phage ESO003
EQ: coat protein of ssRNA phage ESO003
ER: coat protein of ssRNA phage ESO003
ES: coat protein of ssRNA phage ESO003
ET: coat protein of ssRNA phage ESO003
EU: coat protein of ssRNA phage ESO003
EV: coat protein of ssRNA phage ESO003
EW: coat protein of ssRNA phage ESO003
EX: coat protein of ssRNA phage ESO003
EY: coat protein of ssRNA phage ESO003
EZ: coat protein of ssRNA phage ESO003
FA: coat protein of ssRNA phage ESO003
FB: coat protein of ssRNA phage ESO003
FC: coat protein of ssRNA phage ESO003
FD: coat protein of ssRNA phage ESO003
FE: coat protein of ssRNA phage ESO003
FF: coat protein of ssRNA phage ESO003
FG: coat protein of ssRNA phage ESO003
FH: coat protein of ssRNA phage ESO003
FI: coat protein of ssRNA phage ESO003
FJ: coat protein of ssRNA phage ESO003
FK: coat protein of ssRNA phage ESO003
FL: coat protein of ssRNA phage ESO003
FM: coat protein of ssRNA phage ESO003
FN: coat protein of ssRNA phage ESO003
FO: coat protein of ssRNA phage ESO003
FP: coat protein of ssRNA phage ESO003
FQ: coat protein of ssRNA phage ESO003
FR: coat protein of ssRNA phage ESO003
FS: coat protein of ssRNA phage ESO003
FT: coat protein of ssRNA phage ESO003
FU: coat protein of ssRNA phage ESO003
FV: coat protein of ssRNA phage ESO003
FW: coat protein of ssRNA phage ESO003
FX: coat protein of ssRNA phage ESO003
FY: coat protein of ssRNA phage ESO003
FZ: coat protein of ssRNA phage ESO003
GA: coat protein of ssRNA phage ESO003
GB: coat protein of ssRNA phage ESO003
GC: coat protein of ssRNA phage ESO003
GD: coat protein of ssRNA phage ESO003
GE: coat protein of ssRNA phage ESO003
GF: coat protein of ssRNA phage ESO003
GG: coat protein of ssRNA phage ESO003
GH: coat protein of ssRNA phage ESO003
GI: coat protein of ssRNA phage ESO003
GJ: coat protein of ssRNA phage ESO003
GK: coat protein of ssRNA phage ESO003
GL: coat protein of ssRNA phage ESO003
GM: coat protein of ssRNA phage ESO003
GN: coat protein of ssRNA phage ESO003
GO: coat protein of ssRNA phage ESO003
GP: coat protein of ssRNA phage ESO003
GQ: coat protein of ssRNA phage ESO003
GR: coat protein of ssRNA phage ESO003
GS: coat protein of ssRNA phage ESO003
GT: coat protein of ssRNA phage ESO003
GU: coat protein of ssRNA phage ESO003
GV: coat protein of ssRNA phage ESO003
GW: coat protein of ssRNA phage ESO003
GX: coat protein of ssRNA phage ESO003


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,199,217180
ポリマ－2,199,217180
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
coat protein of ssRNA phage ESO003


分子量: 12217.873 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leviviridae sp. (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: virus like particles of ssRNA phage ESO003 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Leviviridae sp. (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: Tris-HCl
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil Active R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1297
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 57

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 11758
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1297 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 81.5005 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 36.89 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0055156060
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7207212040
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047526640
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004926820
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.430621780

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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