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- PDB-9h8t: Cryo-EM structure of the atovaquone-inhibited Complex III from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h8t
タイトルCryo-EM structure of the atovaquone-inhibited Complex III from the Chlorocebus sabaeus respirasome
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 4
  • (Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein ...) x 2
  • Complex III subunit 9
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • UQCRB
キーワードELECTRON TRANSPORT / complex III / respirasome / mitochondria / green african monkey / atovaquone
機能・相同性
機能・相同性情報


subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / pyramidal neuron development / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c ...subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / pyramidal neuron development / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / midbrain development / hippocampus development / respiratory electron transport chain / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit ...Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AFI / Chem-AOQ / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial ...Chem-AFI / Chem-AOQ / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Maclean, A. / Muhleip, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structure, assembly and inhibition of the Toxoplasma gondii respiratory chain supercomplex.
著者: Andrew E MacLean / Shikha Shikha / Mariana Ferreira Silva / Max J Gramelspacher / Aaron Nilsen / Katherine M Liebman / Sovitj Pou / Rolf W Winter / Amit Meir / Michael K Riscoe / J Stone ...著者: Andrew E MacLean / Shikha Shikha / Mariana Ferreira Silva / Max J Gramelspacher / Aaron Nilsen / Katherine M Liebman / Sovitj Pou / Rolf W Winter / Amit Meir / Michael K Riscoe / J Stone Doggett / Lilach Sheiner / Alexander Mühleip /
要旨: The apicomplexan mitochondrial electron transport chain is essential for parasite survival and displays a divergent subunit composition. Here we report cryo-electron microscopy structures of an ...The apicomplexan mitochondrial electron transport chain is essential for parasite survival and displays a divergent subunit composition. Here we report cryo-electron microscopy structures of an apicomplexan III-IV supercomplex and of the drug target complex III. The supercomplex structure reveals how clade-specific subunits form an apicomplexan-conserved III-IV interface with a unique, kinked architecture, suggesting that supercomplexes evolved independently in different eukaryotic lineages. A knockout resulting in supercomplex disassembly challenges the proposed role of III-IV in electron transfer efficiency as suggested for mammals. Nevertheless, knockout analysis indicates that III-IV is critical for parasite fitness. The complexes from the model parasite Toxoplasma gondii were inhibited with the antimalarial atovaquone, revealing interactions underpinning species specificity. They were also inhibited with endochin-like quinolone (ELQ)-300, an inhibitor in late-stage preclinical development. Notably, in the apicomplexan binding site, ELQ-300 is flipped compared with related compounds in the mammalian enzyme. On the basis of the binding modes and parasite-specific interactions discovered, we designed more potent ELQs with subnanomolar activity against T. gondii. Our findings reveal critical evolutionary differences in the role of supercomplexes in mitochondrial biology and provide insight into cytochrome b inhibition, informing future drug discovery.
履歴
登録2024年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Cytochrome c1
A: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
C: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
E: Complex III subunit 9
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
J: Cytochrome b
L: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
H: UQCRB
T: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
d: Cytochrome c1
a: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
g: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
c: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
e: Complex III subunit 9
f: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
k: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
j: Cytochrome b
l: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
h: UQCRB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,71547
ポリマ－545,16221
非ポリマー17,55326
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 DdEeJjHh

#1: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 35268.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A0D9R8S7
#5: タンパク質 Complex III subunit 9


分子量: 7320.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A0D9RB67
#8: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 43070.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: Q1AL63
#10: タンパク質 UQCRB


分子量: 6623.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)

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Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 4種, 9分子 ATaGgCcFf

#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 29817.166 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A0D9QXW2, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13540.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A0D9RJ49
#4: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8


分子量: 9748.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A0D9RML3
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6


分子量: 10803.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A0D9S9I7

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Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein ... , 2種, 4分子 KkLl

#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2


分子量: 48592.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A0D9R493
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1


分子量: 52885.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorocebus sabaeus (オナガザル)

-
非ポリマー , 10種, 40分子

#11: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#13: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#15: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-AOQ / 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione / Atovaquone / アトバコン


分子量: 366.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗菌剤*YM
#17: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-AFI / 2-[4-(4-CHLOROPHENYL)CYCLOHEXYLIDENE]-3,4-DIHYDROXY-1(2H)-NAPHTHALENONE


分子量: 366.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mitochondrial respirasome from Chlorocebus sabaeus Vero cells inhibited by atovaquone
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 株: Vero cell line
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 301 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 36 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 637526 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00534366
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90746568
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.88312820
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.055024
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0145897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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